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标题: 求助在运行gromacs时出现Too many LINCS warnings (13188) [打印本页]

作者
Author: Sasuke 时间: 2020-10-10 19:29
标题: 求助在运行gromacs时出现Too many LINCS warnings (13188)
用MS建模生成的PS聚苯乙烯的pdb文件，然后用gromacs的editconf命令将pdb文件转成gro坐标文件，用gromacs预编译操作grompp可以生成tpr运行文件，但是在mdrun的时候出现了下面的LINCS错误，是为什么呢？立场文件应该是没问题的，因为之前用其他的gro坐标文件可以跑。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 21:29
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作者
Author: hanlu 时间: 2023-9-22 11:55
你好，我也是遇到同样的情况，是用MS扩胞，跑MD的，麻烦问一下你最后是怎么解决的，或者找到是什么原因造成这样的报错

作者
Author: 李赛亚 时间: 2024-8-24 16:12
本帖最后由李赛亚于 2024-8-24 16:13 编辑

我把md.mdp里的dt从0.002改成了0.001，然后跑通了
用的代码gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 12

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