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标题: 求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化 [打印本页]
作者Author: 牧生 时间: 2020-10-10 21:40
标题: 求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化
本帖最后由 牧生 于 2020-10-10 21:53 编辑
做两种小分子的混合，在http://bio2byte.be/acpype/生成SDS和CTAB结构文件，得到如下几个文件
CTAB_GMX.gro，CTAB_GMX.itp，CTAB_GMX.top
SDS_GMX.gro，SDS_GMX.itp，SDS_GMX.top
第一步：
gmx insert-molecules -ci SDS_GMX.gro -nmol 10 -box 5 5 10 -o SDS_box.gro ;向5×5×10的盒子中，插入10个SDS分子，命名为SDS_box.gro
第二步：
gmxinsert-molecules -f SDS_box.gro -ci CTAB_GMX.gro -nmol 10 -o out_box.gro ;向SDS_box.gro盒子中，继续插入10个CTAB分子，输出命名为out_box.gro
第三步：
gmx solvate -cp out_box.gro -cstip4p.gro -p SDS_GMX.top -o SDS_solv.gro ;向out_box.gro盒子中加入tip4p.gro的水
第四步：修改SDS的top文件
; SDS_GMX.top created by acpype (v: 2020-09-02T11:49:19CEST) on Thu Oct 8 03:28:17 2020
;[ defaults ] ；注释
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ ；注释
;1 2 yes 0.5 0.8333 ；注释
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp" ；加入力场
; Include SDS_GMX.itp topology
#include "SDS_GMX.itp" ；本来就有的SDS
#include "CTAB_GMX.itp" ；CTAB的类型
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp" ；水的类型
[ system ]
SDS in water
[ molecules ]
; Compound nmols
SDS 10 ；修改为10个
CTAB 10 ；修改为10个
SOL 3956
第五步能量最小化：
gmx grompp -f em.mdp -c SDS_solv.gro -p SDS_GMX.top -o SDS.tpr -maxwarn 1 ;应该是这里使用的top文件有错。。
em.mdp文件如下
define = -DFLEXIBLE
integrator = steep
emtol = 250.0
nsteps = 5000
nstenergy = 1
energygrps = System ;整个体系为一体
nstlist = 10
ns_type = grid
coulombtype = PME; （软件认为PME更好）
rlist = 1.0
rcoulomb = 1.0
rvdw = 1.0
constraints = none ;不限制
pbc = xyz ;盒子
cutoff-scheme= Verlet
这一步就报错了
Program: gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\topio.cpp (line 607)
Fatal error:
Syntax error - File CTAB_GMX.itp, line 3 ；我觉得是itp文件include的操作有错了，请教如何修正这个错误。
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
如上几个文件
作者Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-11 13:00
你需要把acpype中生成的itp文件内的[atomtypes]以下的内容剪切到amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp中[atomtypes]中即可
作者Author: 牧生 时间: 2020-10-11 17:54
请教一下具体的做法，我一直没琢磨透这一点。
一直在循环这个错误。
作者Author: liuyuje714 时间: 2020-10-11 18:14
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-10-11 18:15 编辑
把CTAB_GMX.itp最前边的atomtypes那一部分剪到sds_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。
作者Author: 牧生 时间: 2020-10-11 18:51
万分感谢。终于走通两组份了
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 15:43
链接：https://pan.baidu.com/s/1qMR4BZDFkgAYFpN6o_LZvw
提取码：1234
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 16:39
您好，根据您的建议，我更改了下，重新跑又出错了，还请您指教下，谢谢
链接：https://pan.baidu.com/s/1WqOrE5r9Tzz8ra9HOZhZLw
提取码：1234
作者Author: 牧生 时间: 2021-11-27 17:05
你重新压缩了以后，上传蓝奏云吧。。。点进去链接不存在
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 17:56
[attach]42101[/attach]
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 17:57
您好，由于不会传压缩包，所以就把修改后的文件及相关报错截图传上来了，麻烦您了
作者Author: 牧生 时间: 2021-11-27 18:17
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 22:14
请问意思是就不用include了吗？
作者Author: zwl 时间: 2021-11-27 22:29
您好，我尝试将#include "ljba_GMX.itp"这一项删除，重新跑提示如图的错误，如果将TOP中的[ molecules ] 下的"ljba 20 "这一项删除，那么就是单组分了吧 。。。还请指教下，谢谢
作者Author: 牧生 时间: 2021-11-28 08:19
本帖最后由 牧生 于 2021-11-28 08:31 编辑
我没有说过，也没有表达“不用include”的意思
划重点：
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。不是ljba_GMX.itp用不着
作者Author: casea 时间: 2021-11-28 10:57
还有一点，只是单纯的atomtypes 剪切过去也可能会报错。需要检查两个拓扑文件中的atomtypes是否有重复的地方，如果有重复的，需要删除。
作者Author: zwl 时间: 2021-11-28 21:55
您好，按照您的建议进行了更改并运行，还是报错，说ljba.itp中的第三行语法错误，
请您在指导下
作者Author: 牧生 时间: 2021-11-29 07:25
请给出具体文件，我猜不到是什么错
作者Author: zwl 时间: 2021-11-29 07:37
您好，文件如图，请您看下，谢谢
作者Author: 牧生 时间: 2021-11-29 08:05
本帖最后由 牧生 于 2021-11-29 08:10 编辑
(, 下载次数 Times of downloads: 84)
你为什么就不按照重点提示来操作呢？
划重点：
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。不是ljba_GMX.itp用不着
这下子看得清了吧
如果还报错，把文件全部传上来，看图的话，不方便帮你修改。
作者Author: wyfgg 时间: 2022-5-24 20:30
我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您当时的top与pdb原子类型不匹配的阶段T^T
作者Author: faylovesnow 时间: 2022-7-17 00:57
牧生老师的研究方向跟我太契合了
作者Author: Smes 时间: 2023-4-5 23:27
老师我遇到的情况跟这差不多，我是模拟电解液体系：包括锂离子，六氟磷酸根离子，ec,dec分子。
我的工作步骤是，先用sobtop得到四个分子的itp，使用packmol得到盒子的pdb文件，手写了top文件和mdp文件。我看了您的一些帖子，我把所有itp文件中atomtypes直接全剪到ec.itp后面，进行 gmx grompp -f test.mdp -c elbox.pdb -p elbox.top -o nvt-pr.tpr结果还是报错(pdb文件太大没法上传)。烦请老师帮忙看看，哪里出错
作者Author: Smes 时间: 2023-4-5 23:28
本帖最后由 Smes 于 2023-4-5 23:35 编辑
老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp。这个看起来是力场文件是不是gmx直接内置呢。还是要自己找呢
作者Author: 牧生 时间: 2023-4-6 07:08
不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是没问题的。
如果warning太多，后面的部分有不对应的，比如C1-O，这就不对了。可能需要修改分子出现的顺序或者top。
amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp是自带的，在你当前GMX的目录下面的
作者Author: Smes 时间: 2023-4-8 11:09
老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样
作者Author: 牧生 时间: 2023-4-8 14:00
如果确定是对应上的，就可以忽略这个提醒，继续下一步。
作者Author: 探索者 时间: 2024-6-12 20:58
老师好，我再合并3个itp文件时，还是有这个问题，仔细检查后，还是出错，麻烦老师帮我看看
作者Author: 探索者 时间: 2024-6-12 20:58
这个是3个分子的相关文件
作者Author: 探索者 时间: 2024-6-12 21:13
老师，刚刚又检查发现，atomtypes重复定义了两次c3，删除下边的一个，重新试了一下，还是报错
作者Author: 探索者 时间: 2024-6-12 22:22
找到问题了，谢谢老师
作者Author: xuzekun 时间: 2024-9-10 20:47
您好，我现在也遇到了同样的问题，请问您当时是什么问题，怎么解决的呢
作者Author: luwf 时间: 2024-9-25 17:51
请问问题解决了吗
作者Author: wwy223 时间: 2025-3-25 15:02
你上传的这个SDS_GMX.gro文件当中没有氢是嘛，而且是不是有两个双键的S-O键没有表示出来
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