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标题: 关于安装不同版本的gromacs程序共存问题 [打印本页]

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-10 23:48
标题: 关于安装不同版本的gromacs程序共存问题
请教各位老师和同学：
我先安装了2020的双精度版本，在.bashrc文件中添加了环境变量，测试可以使用。
之后又安装了2020的单精度版本，为了区别，配置程序的时候给所有命令关键字添加了区别于双精度版本的后缀_s，同时也在.bashrc文件中添加了环境变量。

于是出现了这样的问题，如果使用想使用双精度版本，就需要在.bashrc文件中用#注释掉单精度的环境变量；反之如果想使用单精度版本，就需要在.bashrc文件中用#注释掉双精度的环境变量才能使用。
因为不清楚是在安装中的哪一步设置有问题，对GROMACS安装原理理解不深，特此希望阅读和经验丰富的老师同学们不吝指教。十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-11 05:16
正常情况应当先编译单精度版本，然后编译双精度的时候再加_d后缀，共存在相同目录，不会彼此冲突，用双精度版本的时候加上_d就行了，没必要在.bashrc里单独设置

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-11 17:42

sobereva 发表于 2020-10-11 05:16
正常情况应当先编译单精度版本，然后编译双精度的时候再加_d后缀，共存在相同目录，不会彼此冲突，用双精度 ...

非常感谢sob老师这么及时地为我解答。
   我理解的您的意思是把单精度和双精度的程序，在cmake的时候都指定到同一目录，比如-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/user/Software/gromacs2020，，然后共用一个变量source /home/user/Software/gromacs2020/bin/GMXRC。不知道我是否理解得对不对。
   您能从我的问题中看出来，在我之前的认知里，每安装一个版本gromacs都指定一个独立的安装目录。所以想跟您请教一下，在安装中的哪一步会造成关键字的冲突？
   以及我一直以来都没有在网上找到详细说明的，安装结束后make disclean的作用是什么，如果不清除之前编译产生的文件会有怎样的影响，以及安装结束后要删掉gromacs解压目录的原因是什么？
   再次感谢sob老师的为我这种个例问题的宝贵解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-13 06:40

jluZ 发表于 2020-10-11 17:42
非常感谢sob老师这么及时地为我解答。
我理解的您的意思是把单精度和双精度的程序，在cmake的时候 ...

单、双精度安装在相同路径下并没有冲突，本身可执行文件后缀用_d已经区分开了

此文我也专门说过
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

要编译双精度版本的话，先按照前文方式编译一遍单精度版本，毕竟这之后在研究中肯定也得用。然后再重复一遍编译过程，但是在编译FFTW时去掉--enable-float，并且在使用cmake3命令时额外加上-DGMX_DOUBLE=ON选项。双精度版本的GROMACS可执行文件是gmx_d，而单精度是gmx，因此单精度和双精度的可执行文件可以同时存在于同一目录，互不冲突。

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-13 11:42

sobereva 发表于 2020-10-13 06:40
单、双精度安装在相同路径下并没有冲突，本身可执行文件后缀用_d已经区分开了

此文我也专门说过

特别感谢sob老师耐心解答！

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