计算化学公社

标题: 求助，使用gmx trjconv -f md.xtc -o trj_8-10ns -b 8000 -e 10000 -dt 100提取轨迹 [打印本页]

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-10-12 17:48
标题: 求助，使用gmx trjconv -f md.xtc -o trj_8-10ns -b 8000 -e 10000 -dt 100提取轨迹
求助，使用gmx trjconv -f md.xtc -o trj_8-10ns -b 8000 -e 10000 -dt 100提取轨迹，假如我把dt后面改成1000，会影响我的精度吗，它是每隔1ns取一帧轨迹，还是算这1ns内轨迹的平均值，我跑MD的时候是每10ps就显示结果的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-12 18:03
语义不明。你当前做的事情只是提取轨迹而已，怎么牵扯到精度了？对于什么而言的精度？你之后要算什么？

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-10-12 18:22

sobereva 发表于 2020-10-12 18:03
语义不明。你当前做的事情只是提取轨迹而已，怎么牵扯到精度了？对于什么而言的精度？你之后要算什么？

我想算MMPBSA，sob老师，我就是把dt调到1000，会影响我的结果吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-13 06:21

计算小菜鸡发表于 2020-10-12 18:22
我想算MMPBSA，sob老师，我就是把dt调到1000，会影响我的结果吗

原理上帧数越多，取平均得到的统计误差越小

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)