计算化学公社

标题: 相互作用能计算结构为正求助 [打印本页]

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Author: CruiseBend 时间: 2020-10-12 21:21
标题: 相互作用能计算结构为正求助
sob老师好，本人在计算以下体系时，出现了相互作用能为正的情况，根据文献调查，此体系吸附能应该在-5~-10 Kcal/mol。希望您能帮助解答。
已上传Gaussian输入文件，电子个数的设置是考虑了质子化因素，结合能根据优化后最后一步的电子能量求得。该结构是合理的，但能量却为+130Kcal/mol，不知是何原因。十分感谢

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Author: sobereva 时间: 2020-10-12 22:37
把输出文件压缩打包后上传

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Author: CruiseBend 时间: 2020-10-13 09:11
这里是输出文件

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Author: wzkchem5 时间: 2020-10-13 17:38
你查文献查到的体系和你的体系的区别在哪里？
按我感觉，一个带+3电荷的分子和一个带+1电荷的分子之间在真空里有强烈排斥，一点也不奇怪。但是如果在溶剂里，排斥作用会大大减弱，有机会表现为吸引。

作者
Author: CruiseBend 时间: 2020-10-13 18:21

wzkchem5 发表于 2020-10-13 17:38
你查文献查到的体系和你的体系的区别在哪里？
按我感觉，一个带+3电荷的分子和一个带+1电荷的分子之间在真 ...

是这个，加入电荷是为了模拟这个体系在酸性环境下，即质子化

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-13 20:15

CruiseBend 发表于 2020-10-13 18:21
是这个，加入电荷是为了模拟这个体系在酸性环境下，即质子化

既然提到了酸性环境，说明这应该是一个溶液相的反应吧，应该加溶剂模型

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Author: k64_cc 时间: 2020-10-13 21:43
全带正电没有抗衡离子肯定不科学，考虑一下？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-14 12:27

k64_cc 发表于 2020-10-13 21:43
全带正电没有抗衡离子肯定不科学，考虑一下？

而且说实话，这个带+3电荷的铝配合物，在非极性溶剂里估计不会溶解，但在稍微有点极性的溶剂里估计就和溶剂不可逆配位了，外来的阳离子根本没有配位的机会。那些硼原子会不会和溶剂配位也存疑。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-14 12:48

wzkchem5 发表于 2020-10-14 12:27
而且说实话，这个带+3电荷的铝配合物，在非极性溶剂里估计不会溶解，但在稍微有点极性的溶剂里估计就和溶 ...

而且水相中质子化也不一定真就这么彻底，说不定上一两个质子就是极限了。但是这么考虑的话这问题好像挺复杂的（捂脸

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-14 14:23

k64_cc 发表于 2020-10-14 12:48
而且水相中质子化也不一定真就这么彻底，说不定上一两个质子就是极限了。但是这么考虑的话这问题好像挺复 ...

真要是水相的话，我怀疑那个B-N cage会解体，尤其是4元环的部分

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Author: k64_cc 时间: 2020-10-14 16:04

wzkchem5 发表于 2020-10-14 14:23
真要是水相的话，我怀疑那个B-N cage会解体，尤其是4元环的部分

哦他没说是啥溶剂……那就真不好说了，感觉可以把几个质子化过程的dG算一下？万一真上不了这么多质子呢……

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Author: wzkchem5 时间: 2020-10-14 16:52

k64_cc 发表于 2020-10-14 16:04
哦他没说是啥溶剂……那就真不好说了，感觉可以把几个质子化过程的dG算一下？万一真上不了这么多质子呢… ...

说实话我深刻怀疑这个物质在实验上能不能合成。。。盲猜一下应该是纯从计算上设想出来的物质，环张力太大了，电荷也太多了，不像是实验能合成出来的东西

作者
Author: CruiseBend 时间: 2020-10-14 19:47

wzkchem5 发表于 2020-10-14 16:52
说实话我深刻怀疑这个物质在实验上能不能合成。。。盲猜一下应该是纯从计算上设想出来的物质，环张力太大 ...

我是在算酸性溶液中的相互作用...

作者
Author: CruiseBend 时间: 2020-10-14 19:48
只是想在结合位点质子化计算下，现在pcm model 下计算的能量是负的啦，但这要怎么解释呢？

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Author: wzkchem5 时间: 2020-10-14 20:53

CruiseBend 发表于 2020-10-14 19:48
只是想在结合位点质子化计算下，现在pcm model 下计算的能量是负的啦，但这要怎么解释呢？

溶剂作为电介质，削弱了两个正离子之间的排斥作用

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