计算化学公社

标题: 三维自由能面作图求助 [打印本页]

作者
Author: 16aDream 时间: 2020-10-13 11:15
标题: 三维自由能面作图求助
本帖最后由 16aDream 于 2020-10-13 11:19 编辑

现在已有三个反应坐标的数据，怎么做出如下的这种三维自由能面？
我知道二维的可以用origin的2D频数统计，但是三维的好像没有对应功能。那么有现成的软件可以做3D的频数统计吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-15 06:21
自己写个程序搞就完了，并不费事
ddtpd程序做二维概率密度统计，稍微扩展一下就是三维的
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

把数据导出成cube格式，然后就能用诸如VMD之类程序绘制上面那种带切面和等值面的图
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

作者
Author: meatball1982 时间: 2020-10-16 16:41
本帖最后由 meatball1982 于 2020-10-16 16:49 编辑

可以实现的code，应该可以实现你的这个图。
分别生成后，可能得用gimp或是ps 拼在一起。
我提供的是一个粗糙的版本，用matlab画其中的各种图(对于已知的散点)。

主要思路就是
01.统计散点
02.计算等高面
03.输出。

我使用的是自己的一套散点(附件中已经给出)

你需要的应该是
fig_04_scatter3d_color
和
05contour下的图

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