计算化学公社

标题: 分子间的作用力 [打印本页]

作者
Author: 十年磨练 时间: 2015-10-28 15:15
标题: 分子间的作用力
请教sob老师，对于有机的小分子来说，如甲醇，乙醇、DMSO等有机小分子的混合体系。我有一些疑问，希望老师能帮我解答：1、如果要计算他们之间的弱相互作用时，用不用考虑溶剂化效应，毕竟在现实情况中，他们都是以液体的形式存在的。

2、当他们形成不同大小的团簇的体系，那么一般他们之间除了以氢键连接形成团簇外，还会有其他的相互作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 17:55
计算多聚体时，那你还是得把周围溶剂环境表现出来。比如哪怕你计算纯水中的两个水的作用，也应当用隐式溶剂模型表现出水环境。

还有色散作用。

作者
Author: 十年磨练 时间: 2015-10-28 20:26

sobereva 发表于 2015-10-28 17:55
计算多聚体时，那你还是得把周围溶剂环境表现出来。比如哪怕你计算纯水中的两个水的作用，也应当用隐式溶剂 ...

那如果是计算有机小分子的偶极矩等性质，要想与实验上的相比较，是不是也要使用隐式溶剂。另外，这个隐式溶剂只能是混合体系中的一种成分吧，不能是其他的溶剂吧。如乙醇和dmso混合体系，是不是只能选择乙醇或者dmso作为隐式溶剂，而不能用水等（因为实验上是只有这两种成分的混合，没有其他物质）。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-29 02:29

十年磨练发表于 2015-10-28 20:26
那如果是计算有机小分子的偶极矩等性质，要想与实验上的相比较，是不是也要使用隐式溶剂。另外，这个隐 ...

溶液下的偶极矩我印象中很难测定，气相的容易测。和溶液下的实验值比较，应当用隐式溶剂模型。
乙醇和DMSO混合时，你可以将它们的介电常数按比例混合来定义隐式溶剂模型的介电常数。

作者
Author: 十年磨练 时间: 2015-10-29 09:14

sobereva 发表于 2015-10-29 02:29
溶液下的偶极矩我印象中很难测定，气相的容易测。和溶液下的实验值比较，应当用隐式溶剂模型。
乙醇和DM ...

恩，谢谢sob老师
那要是计算的是不同有机小分子A和B形成的团簇的偶极矩时，不知道该团簇是处于什么混合比例的混合体系中，那该怎么选择隐式溶剂呢？可不可以计算一下以A为隐式溶剂下的偶极矩，然后再计算一下以B为隐式溶剂下的偶极矩，取它们的平均值。
想要计算偶极矩，是因为我采用不同方法计算了一下乙醇分子的气相偶极矩，结果为1.59D和1.56D，都和文献中查到的1.68D相差很大，不知道问题具体出现在什么地方。难道说我给的乙醇的初始结构不对？但是初始结构不是用Gview软件直接画，然后通过不同的方法基组进行几何优化得到的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-29 10:04

十年磨练发表于 2015-10-29 09:14
恩，谢谢sob老师
那要是计算的是不同有机小分子A和B形成的团簇的偶极矩时，不知道该团簇是处于什么混合 ...

和气相相差大是计算级别不合理。这是水的气相偶极矩计算，可见合适的级别下算的很准确。B3LYP/def2TZVPD十分划算准确。
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你可以那么取平均，在没有其它信息的情况下算是一种折中的处理。

作者
Author: 十年磨练 时间: 2015-10-29 10:40

sobereva 发表于 2015-10-29 10:04
和气相相差大是计算级别不合理。这是水的气相偶极矩计算，可见合适的级别下算的很准确。B3LYP/def2TZVP ...

恩恩，谢谢sob老师的耐心解答

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