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标题: CF3CF2CF2OCFCF3-COO*-->CF3CF2CF2OCFCF3-COO* +CO2过渡态查找问题及IRC报错求助 [打印本页]

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Author: sophieding 时间: 2020-10-15 21:39
标题: CF3CF2CF2OCFCF3-COO*-->CF3CF2CF2OCFCF3-COO* +CO2过渡态查找问题及IRC报错求助
本帖最后由 sophieding 于 2020-10-16 09:28 编辑

1. 采用关键词opt=(recalc=5,ts,gdiis,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) temperature=333.15关键词对目标物TS搜索，发现可以收敛并有一个虚频，仅有-22，但是振动的方向不太对。已试了很多遍，请老师给点建议，往哪方面进行改进，不胜感激，其TS初猜结构（图1）与优化后的结构（图2）如下图所示。
2. 尝试对上述的TS进行IRC，报错，错误为：Unrecognized IOpTyp= 25. Error termination via Lnk1e in /public/software/g16/l1.exe at Thu Oct 15 20:10:40 2020。请问这是什么原因呢？是因为过渡态不对是么？
3. 做能垒图判断C3-O4均裂还是C5-C6断键更有优势，请问C3-O4的能量如何取？是对单个物质的能量进行加减么？如：C3+C4-反应物，单个物质的能量计算采用：热力学校正能+高精度单点能?
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-15 22:38
1. 把初始结构的C5-C6缩短一些，再试。一般而言，如果过渡态优化收敛到类似产物的结构，那么把初猜结构往反应物方向变一变，反之则往产物方向变。如果仍然不行，可以对C5-C6键做一个relaxed scan，取最高点作为初猜结构。
2. 上传IRC文件的gjf，我们看看。L1就报错一般是因为关键词语法没写对。
3. 你指的是C3-O4吗？你会做C5-C6，那C3-O4也是同理啊

作者
Author: sophieding 时间: 2020-10-16 09:07

wzkchem5 发表于 2020-10-15 22:38
1. 把初始结构的C5-C6缩短一些，再试。一般而言，如果过渡态优化收敛到类似产物的结构，那么把初猜结构往反 ...

谢谢老师的指导。1.之前已经采用PM6对C5-C5进行了柔性扫描，得出的总能量曲线一直往下降。问过相关的老师，老师说可能是过渡态能垒比较低，导致能垒曲线一直往下降。查过相关文献，这个分子的类似物在断C5-C6的能垒时确实很低。
2.IRC输入文件已上传，望老师帮忙查看。
3.不好意思，之前写错了，应该是C3-O4。想做C3-O4均裂为两个自由基键解离能的能垒图，与C5-C6断键的做一个能垒图作为比较，探究哪个路径优先。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-16 09:49

sophieding 发表于 2020-10-16 09:07
谢谢老师的指导。1.之前已经采用PM6对C5-C5进行了柔性扫描，得出的总能量曲线一直往下降。问过相关的老师 ...

IRC后面不应该写(recalc=5,gdiis)。recalc和gdiis都是opt的专属选项，IRC没有这两个选项，所以报输入文件语法错误。
你优化了反应物结构吗？可能过渡态和反应物结构非常接近，或甚至即使在DFT水平下反应也是没有势垒的。

作者
Author: sophieding 时间: 2020-10-16 14:29

wzkchem5 发表于 2020-10-16 09:49
IRC后面不应该写(recalc=5,gdiis)。recalc和gdiis都是opt的专属选项，IRC没有这两个选项，所以报输入文件 ...

好的，感谢指教。IRC关键词写这个主要是过渡态优化也有这个，所以一起写上了，后来改为irc=(calcfc,recalc=5)已可运算。反应物的结构已进行了优化~

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Author: wzkchem5 时间: 2020-10-16 17:05

sophieding 发表于 2020-10-16 14:29
好的，感谢指教。IRC关键词写这个主要是过渡态优化也有这个，所以一起写上了，后来改为irc=(calcfc,recal ...

嗯，刚说错了，irc里有recalc，只是没有gdiis

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