计算化学公社

标题: PR压浴的产生相报错 [打印本页]

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-10-16 10:36
标题: PR压浴的产生相报错
跑环己烷体系，255个分子，想自己NPT一个小盒子然后去solvate -cs填充盒子，平衡相mdp：
define =
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 5000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 0
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.4
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.4
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 323.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 1.4e-4
;
gen_vel  = no
gen_temp = 323.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

没什么特别的，只是修改了一下可压缩系数(查到实验数据之后拟合出当前温度下的)
以及控压时间常数(0.5开始每0.5往上加，加到一个不提示Pressure scaling more than 1%时候的数)；因为tau_p=0.5的时候压力变化太快了；
平衡之后跑产生相，
mdp：
define =
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 5000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 0
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.4
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.4
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 323.15
;
Pcoupl    = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.5
ref_p = 1.01325
compressibility = 1.4e-4
;
gen_vel  = no
gen_temp = 323.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

产生相用PR压浴，其他参数没变化。

结果跑了没一会儿，就出现了错误提示，如图一，图二所示；
(, 下载次数 Times of downloads: 40) (, 下载次数 Times of downloads: 43)
因为只有255个分子，并且md步骤以及跑了100ns以上，我以为以及非常平衡了；
所以我就想问问PR跑产生相报错的原因在哪？
是1. 还是没平衡，压力没有稳定在参考压力1.01325bar附近(截取时间段长短不同，Pressure大概在0~10bar内波动)？
还是2. 最开始需要做构象搜索而我没做？
还是什么别的原因？
主要体系已经按照RESP2那篇博文进行优化和电荷替换了(B3LYP-D3(BJ)/def-TZVP优化+RESP2(0.5))
力场是amber99SBILDN力场，拓扑文件是acpype网页版基于amber力场的，也许该用GAFF的拓扑文件？
所以我就想问问老师们，这种情况可能是什么原因，我该如何修改，谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-16 21:56
本身PR压浴就容易出毛病。你当前也不是为了发表文章用，压浴就用Berendsen就可以了，没有任何问题。
这和构象搜索没任何联系。GAFF是专门描述有机小分子的，不应当选AMBER
完全没必要预平衡100ns那么长。这种小分子液体弛豫是很快的，有个1、2ns就绝对足够了
你也可以先尝试用1fs步长看看。并且注意续跑的时候应当通过cpt文件精确延续之前的模拟最后的状态。

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-10-16 22:10

sobereva 发表于 2020-10-16 21:56
本身PR压浴就容易出毛病。你当前也不是为了发表文章用，压浴就用Berendsen就可以了，没有任何问题。
这和 ...

嗯嗯，谢谢您。我理解啦。
（主要是那个错误提示跟我说键旋转超过30°，我就联想到构象搜索去了，还以为是分子结构有问题）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)