计算化学公社

标题: 我刚接触oniom，求助有关oniom的一些问题 [打印本页]

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-10-28 17:01
标题: 我刚接触oniom，求助有关oniom的一些问题
用oniom计算多个离子液体，内层放两个，中层放两个，外层放两个，输入文件是：
%nprocshared=16
%mem=100MW
#p opt=(calcfc,quadmac,maxcycle=1000,noeigentest) freq(noraman) oniom(b3lyp/6-31g:pm6:uff)=embedcharge
不知道这样写输入文件对不对，oniom计算总是103错误，有没有方法可以这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-28 17:52
最好直接把输入输出文件作为附件发上来

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-6 18:49
@soberera 这是我的输入文件，麻烦老师看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-6 19:29
ONIOM能不用就不用，这种分层很不好。UFF实际上根本就表现不出来低层分子起到的效果，更何况你还没给原子设原子电荷，等于完全没起到效果。noeigentest是多余的。noraman也是多余的，本来默认就不计算。

这种体系ONIOM会给计算带来不小误差，当前体系没多大，还不如直接都量化算呢。或者低层用PM6也比用UFF强得多。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-7 12:12

sobereva 发表于 2015-11-6 19:29
ONIOM能不用就不用，这种分层很不好。UFF实际上根本就表现不出来低层分子起到的效果，更何况你还没给原子设 ...

谢谢老师的指导，我们以前也是用量化计算，现在老师让摸索oniom，要是分三层的话，那中间层和低层该分别采取什么方法算比较好，计算出来的能量应该怎么看？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-7 13:36

那年·时光飞发表于 2015-11-7 12:12
谢谢老师的指导，我们以前也是用量化计算，现在老师让摸索oniom，要是分三层的话，那中间层和低层该分别 ...

这种体系不要分三层，两层足矣。分层本身也会引入误差、增大计算量。我总是强调不要把ONIOM想得太理想，没那么好的事。像你这样的体系，分层肯定是DFT结合PM6作为高低层，但这样低层对高层的电子效应的影响并不能很好表现。
所以真想省时的话，就用混合基组，把低级部分用小基组，这样处理比ONIOM好得多。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-7 15:00

sobereva 发表于 2015-11-7 13:36
这种体系不要分三层，两层足矣。分层本身也会引入误差、增大计算量。我总是强调不要把ONIOM想得太理想， ...

谢谢sob老师，老师，我要统计能量，算相对能量时过渡态的能量减去反应物的能量，过渡态我用的oniom方法计算的，那反应物用oniom应该怎么算？是跟过渡态一样得分层吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-7 15:03

那年·时光飞发表于 2015-11-7 15:00
谢谢sob老师，老师，我要统计能量，算相对能量时过渡态的能量减去反应物的能量，过渡态我用的oniom方法计 ...

是的

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-7 15:15

sobereva 发表于 2015-11-7 15:03
是的

老师，在过渡态中我把环氧化物和两分子离子液体放在高层，用b3lyp方法；一分子离子液体放在低层，用UFF方法，那我要是计算反应物环氧化物的能量时，要是再将环氧化物分层的话，那低层的肯定不是b3lyp方法了，这样计算出来的能量还能直接用来算相对能量吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-7 15:29

那年·时光飞发表于 2015-11-7 15:15
老师，在过渡态中我把环氧化物和两分子离子液体放在高层，用b3lyp方法；一分子离子液体放在低层，用UFF方 ...

单独计算环氧化物肯定不分层了，没法再分了，肯定是B3LYP直接计算。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-8 16:20

sobereva 发表于 2015-11-7 15:29
单独计算环氧化物肯定不分层了，没法再分了，肯定是B3LYP直接计算。

谢谢sob老师

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