计算化学公社

标题: B3LYP-gCP-D3BJ在Gaussian 09中的关键字 [打印本页]

作者
Author: stecue 时间: 2015-10-29 12:04
标题: B3LYP-gCP-D3BJ在Gaussian 09中的关键字
请问sob推荐的B3LYP-gCP-D3BJ/6-31G* 在G09D.01中有没有直接的关键字啊？D3-BJ修正有EmpiricalDispersion=GD3BJ，但是gCP的BSSE修正似乎就没有查到直接的关键字的了？我想用B3LYP-gCP-D3BJ/6-31G*对一个包含pyrene的体系进行势能面扫描，不知道诸位同仁有什么比较简单的办法么？
多谢先！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-29 12:27
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-10-30 01:19 编辑

搜。。一。。下。。。

(, 下载次数 Times of downloads: 100)

这个计算几乎不需要时间，所以提供了一个在线的计算工具。第一个结果就是。

(, 下载次数 Times of downloads: 83)

(, 下载次数 Times of downloads: 88)

以及ORCA直接有关键词支持gCP，就是“gcp”

作者
Author: helpme 时间: 2015-10-29 12:35
看来高斯目前还不能直接算gcp。期待下个版本。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

作者
Author: stecue 时间: 2015-10-29 22:19

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

了解，多谢多谢！！

作者
Author: stecue 时间: 2015-10-30 03:54

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

对了请教sob君，这个pyrene实际上是一个非标准氨基酸，N端和C端分别用ACE和一个胺cap（不知道怎么翻译，“封闭”？），为什么需要triple zeta而不是6-31+G(d,p)呢？H上的p轨道什么时候需要加上呢？我看到文献里有人用wB97xD/6-31G(d,p)算类似的体系（包含激发态）。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-30 04:45

stecue 发表于 2015-10-30 03:54
对了请教sob君，这个pyrene实际上是一个非标准氨基酸，N端和C端分别用ACE和一个胺cap（不知道怎么翻译， ...

我推荐的是6-311+G*，而不是6-311G*。
在6-31G*基础上，加弥散还是加一个zeta，我总是推荐先加一个zeta。这样弱相互作用会改善，其它各方面也都会改善。这里又加了弥散结果更好。
计算量有富裕可以6-311G**。

我不清楚你说的扫描具体是扫描什么。我只看到你又用gCP和D3，貌似对弱相互作用的考察比较敏感。此时6-311+G*或更好的6-311+G**性价比比较高。
描述弱相互作用，若是氢键还好，若是色散明显，6-31G**是绝对不够的，要么多一个zeta要么加一层弥散，我更推荐前者，会带来整体的改进，还比后者更容易收敛。

作者
Author: captain 时间: 2015-10-30 07:06
弱问一句 gCP 是什么跟counterpoise correction method 不一样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-30 07:16

captain 发表于 2015-10-30 07:06
弱问一句 gCP 是什么跟counterpoise correction method 不一样吗？

counterpoise方式校正BSSE多花几倍时间，gCP和DFT-D3一样是免费的，不花代价就能等效考虑BSSE问题，此文有详述：
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

作者
Author: stecue 时间: 2015-10-30 09:23

sobereva 发表于 2015-10-30 04:45
我推荐的是6-311+G*，而不是6-311G*。
在6-31G*基础上，加弥散还是加一个zeta，我总是推荐先加一个zet ...

多谢多谢！我是考察两个取代基之间的相互作用。本来这两个取代基应该互不影响的，但是有实验迹象表明这两个取代基之间有一定的吸引而不是自由旋转的，所以我想扫扫势能面看看这两个取代基旋转的势垒是多少。而它们之间又没有可以形成氢键的氢原子。虽然可能是单纯的永久偶极之间的静电吸引，但是色散之类的弱相互作用似乎也不能排除，所以我想尽量弄全了省得以后麻烦。;p

作者
Author: captain 时间: 2015-10-30 16:37

sobereva 发表于 2015-10-30 07:16
counterpoise方式校正BSSE多花几倍时间，gCP和DFT-D3一样是免费的，不花代价就能等效考虑BSSE问题，此文 ...

明白了谢谢sob!

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2016-9-20 21:31

sobereva 发表于 2015-10-29 12:44
高斯目前不支持，用带弥散的基组就行了，你当前的体系可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G*，比较划算

请问老师，一个类似的体系，我是这样写：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
为什么总是报错呢，输入文件应该怎样写？

输出文件：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
----------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
'
Last state= "GCL"
TCursr= 3523 LCursr= 12
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09/l1.exe at Tue Sep 20 21:26:52 2016.
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-20 23:59

万卷书万里路发表于 2016-9-20 21:31
请问老师，一个类似的体系，我是这样写：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
为什么总是报错呢，输入文件应 ...

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2016-9-27 09:15

sobereva 发表于 2016-9-20 23:59
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

谢谢sob老师

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-4-25 16:21
sob老师，向您请教。我的命令行是#p opt b3lyp/6-311G(d,p) empiricaldispersion=gd3bj geom=conectivity 为什么还是报QPErr --- A syntax error was detected in the input line？？？

我的高斯版本是G09D01。。。

作者
Author: indec 时间: 2019-4-26 01:29

pcxlm1 发表于 2019-4-25 16:21
sob老师，向您请教。我的命令行是#p opt b3lyp/6-311G(d,p) empiricaldispersion=gd3bj geom=conectivity ...

geom=conectivity. conectivity拼错了，应该是connectivity，但完全可以把这个删了，没必要加

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-4-28 16:38

indec 发表于 2019-4-26 01:29
geom=conectivity. conectivity拼错了，应该是connectivity，但完全可以把这个删了，没必要加

多谢！

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-6-20 09:02

liyuanhe211 发表于 2015-10-29 12:27
搜。。一。。下。。。

请问对于100个原子的弱相互作用体系做分子动力学，用g-311G*基组，需要加gcp么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-6-21 04:35

huangyoyo 发表于 2019-6-20 09:02
请问对于100个原子的弱相互作用体系做分子动力学，用g-311G*基组，需要加gcp么？

如果你用Gaussian，根本就不能直接用gCP
如果你用ORCA，根本就没人用Pople系列基组

作者
Author: li447fan 时间: 2020-2-11 11:47

pcxlm1 发表于 2019-4-25 16:21
sob老师，向您请教。我的命令行是#p opt b3lyp/6-311G(d,p) empiricaldispersion=gd3bj geom=conectivity ...

为啥多加了一个p。。还有connectivity拼写错了吧。。

作者
Author: viycole 时间: 2021-7-1 17:51
sob老师，我在运行molculs优化构象结构的时候，报错了，报错信息如下：
Running Gaussian: "D:\G09W\g09.exe" gau.gjf gau.out
Thread and Process ID are zero in wsystem: No such file or directory
我检查了out文件，里面也是写着：
# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq int=fine
-----------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq int=fin
'
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr= 17
这个问题要怎么处理？查到您之前回答说这是Windows版Gaussian的一个 bug, 重启就好。
可是我重启了，也换了一台电脑试了一下还是报这个错误

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-1 19:08

viycole 发表于 2021-7-1 10:51
sob老师，我在运行molculs优化构象结构的时候，报错了，报错信息如下：
Running Gaussian: "D:\G09W\g09. ...

你用的是G09的哪个distribution？是不是版本太旧了，不支持色散校正

作者
Author: viycole 时间: 2021-7-1 22:35

wzkchem5 发表于 2021-7-1 19:08
你用的是G09的哪个distribution？是不是版本太旧了，不支持色散校正

用的是A 02, 我单独拷贝一个构象用Gaussian跑优化没有问题，没有报错，就是和molculs联用的时候报错了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-1 22:41

viycole 发表于 2021-7-1 15:35
用的是A 02, 我单独拷贝一个构象用Gaussian跑优化没有问题，没有报错，就是和molculs联用的时候报错了:di ...

你单独跑优化的输入文件，和molclus自动生成的输入文件有什么区别？

作者
Author: viycole 时间: 2021-7-2 11:12
molclus可以方便快捷设置模板输入文件，对结果统一化处理，排重和排序，还可以与其他量子化学计算程序联用，不仅仅是Gaussian

可以看看： Molclus：简便实用的团簇构型和分子构象搜索程序 http://www.keinsci.com/research/molclus.html

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-2 11:25

viycole 发表于 2021-7-1 17:51
sob老师，我在运行molculs优化构象结构的时候，报错了，报错信息如下：
Running Gaussian: "D:\G09W\g09. ...

Gaussian版本太老
G09 D.01之后才能用DFT-D，仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

作者
Author: viycole 时间: 2021-7-2 12:25

sobereva 发表于 2021-7-2 11:25
Gaussian版本太老
G09 D.01之后才能用DFT-D，仔细看
DFT-D色散校正的使用

懂了，谢谢老师。

作者
Author: avatar_man 时间: 2021-12-9 23:11

万卷书万里路发表于 2016-9-20 21:31
请问老师，一个类似的体系，我是这样写：
# opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
为什么总是报错呢，输入文件应 ...

你好，你报错的原因找到了吗？为什么能解释下吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-10 01:21

avatar_man 发表于 2021-12-9 16:11
你好，你报错的原因找到了吗？为什么能解释下吗？

在你回复的那楼下面，sob老师已经回了链接解释了

作者
Author: bufanzhi 时间: 2024-5-9 16:28
您好，老师，在计算gcp的网站上上传的.xyz和.log文件后，之后计算结果为0，请问是什么原因？

作者
Author: paramecium86 时间: 2024-5-9 17:15
看错楼

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