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标题: 求教，体系相互作用能量计算 [打印本页]

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-10-18 17:38
标题: 求教，体系相互作用能量计算
请教一下各位老师，在gmx里面，使用rerun算体系里面两种分子的库伦能量和范德华能量，这个结果代表了什么呢。我用gmx算的库伦能量和范德华能量差不多，但用量化模拟算两个分子间的相互作用能量，又用multiwfn能量分解以后发现只有少量的静电作用了，这是为什么呢。应该怎么解释这个现象呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-18 23:24
我不知道你rerun的时候用的是什么模型，最好上个图。我也不晓得你rerun的时候怎么设定的、读的什么数据
沥青里按说原子大多数的原子电荷应当为0或者非常接近于0，静电作用的大小应当比较小才对。
和Multiwfn的基于力场的能量分解对比的时候要注意原子电荷应当用与GROMACS拓扑文件里相同的，否则和rerun产生的静电项没有可比性。

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-10-19 19:25

sobereva 发表于 2020-10-18 23:24
我不知道你rerun的时候用的是什么模型，最好上个图。我也不晓得你rerun的时候怎么设定的、读的什么数据
沥 ...

谢谢sob老师，我后来又仔细学习了一下，是因为我把14作用也算进去了。

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