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标题: gromacs并行计算问题（线程数） [打印本页]

作者
Author: t675210552 时间: 2020-10-19 08:25
标题: gromacs并行计算问题（线程数）
本帖最后由 t675210552 于 2020-10-19 10:20 编辑

在服务器上递交作业时，想调用16核进行计算，命令为mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -deffnm nvt。但是报错提示调用过多线程数，请问这个线程数应该如何设置？

作者
Author: jimulation 时间: 2020-10-19 15:09
每台机器是8核的？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-19 23:25
先说清楚用于计算的服务器多少核
如果没有特殊情况，不要用MPI版gromacs，效率比默认的thread-MPI并行的gmx更低，还得额外装MPI库，等于自找麻烦

作者
Author: t675210552 时间: 2020-10-26 08:20

sobereva 发表于 2020-10-19 23:25
先说清楚用于计算的服务器多少核
如果没有特殊情况，不要用MPI版gromacs，效率比默认的thread-MPI并行的gm ...

好的！谢谢sob老师！

作者
Author: lao7 时间: 2020-10-26 12:20
不建议多此一举。

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