计算化学公社

标题: 求助：安装ORCA4.2.1和openmpi3.1.4后并行运行出错 [打印本页]

作者
Author: zhaoyanfei 时间: 2020-10-19 15:44
标题: 求助：安装ORCA4.2.1和openmpi3.1.4后并行运行出错
本帖最后由 zhaoyanfei 于 2020-10-19 15:43 编辑

我是在win10中安装的linux子系统(Ubuntu18.04LTS)
然后安装openmpi-3.1.4和orca_4_2_1
（在计算化学公社论坛中ORCA百度网盘链接中下载的压缩包openmpi-3.1.4.tar.gz和orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314.tar.xz）

一，openmpi版本问题
按照 http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html 安装OpenMPI-3.1.4，但是输入mpiexec -V后，显示版本为2.1.1
mpiexec (OpenRTE) 2.1.1

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

二，ORCA运行算例报错
输入文件test.inp
! BLYP D3 def2-TZVP def2/J noautostart miniprint nopop
%maxcore 2000
%pal nprocs  1 end
* xyz 0 1
C                0.00000000 0.00000000 -0.56221066
H                0.00000000 -0.92444767 -1.10110537
H                -0.00000000 0.92444767 -1.10110537
O                0.00000000 0.00000000 0.69618930
*

设置"%pal nprocs  1 end"可以正常运算输出无错误，但是大于1个核就会报错

/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

输出文件中报错如下：

-------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[10344,1],0]
  Exit code: 127
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

个人不太懂这些，不知道是不是因为openmpi没装好，请老师同学指点帮忙。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-19 15:48
把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH调到行尾，再运行你贴的这些命令看看

作者
Author: zhaoyanfei 时间: 2020-10-19 16:04

zjxitcc 发表于 2020-10-19 15:48
把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH调到行尾，再运行你贴的这些命令看看

还是不行，结果和上边的一样。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-19 16:10

zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 16:04
还是不行，结果和上边的一样。。。

你当前系统自带MPI 2.1.1，所以which出来会是那样子的，不是想要的3.1.4版本。

你把改完了的~/.bashrc内容贴上来，光说也不知道你有没改对。另外，执行
ls /home/zyf/openmpi-3.1.4/bin
ls /home/zyf/openmpi-3.1.4/lib
证明你对应目录里确实有可执行文件和动态库文件存在。

作者
Author: zhaoyanfei 时间: 2020-10-19 17:12

zjxitcc 发表于 2020-10-19 16:10
你当前系统自带MPI 2.1.1，所以which出来会是那样子的，不是想要的3.1.4版本。

你把改完了的~/.bashrc ...

这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

### orca 4.2.1 ###
export PATH=/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314:$LD_LIBRARY_PATH
alias orca='/home/zyf/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca'

然后用给您说的ls命令确实没有查到可执行文件，所以是没有装上吧。我又新建了一个文件夹重新编译
“./configure --prefix=/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4 --disable-builtin-atomics”

但是卡到了这个部分：
============================================================================
== Modular Component Architecture (MCA) setup
============================================================================
checking for subdir args... '--prefix=/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4' '--disable-builtin-atomics'
checking --with-verbs value... simple ok (unspecified value)
checking --with-verbs-libdir value... simple ok (unspecified value)
checking for pkg-config... no
checking for pkg-config... no
checking for X... no

==> Pre-emptively configuring the hwloc framework to satisfy dependencies.
checking whether to enable hwloc PCI device support... yes (default)

+++ Configuring MCA framework hwloc
checking for no configure components in framework hwloc...
checking for m4 configure components in framework hwloc... external, hwloc1117

--- MCA component hwloc:external (m4 configuration macro, priority 90)
checking for MCA component hwloc:external compile mode... static
checking if MCA component hwloc:external can compile... no

--- MCA component hwloc:hwloc1117 (m4 configuration macro, priority 90)
checking for MCA component hwloc:hwloc1117 compile mode... static
checking hwloc building mode... embedded
configure: hwloc builddir: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc
configure: hwloc srcdir: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc
checking for hwloc version... ./configure: line 76789: /home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get_version.sh: Permission denied
configure: error: Cannot continue

之前也是，每次都卡在这里。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-19 17:21

zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

那你这连openmpi都没编译成功，更别提后面的步骤了。

你的openmpi压缩包不要在windows下解压，在子系统里用命令行解压。

作者
Author: abin 时间: 2020-10-19 17:53

zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

看最后一句啊！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-19 19:50
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-10-19 19:51 编辑

zhaoyanfei 发表于 2020-10-19 17:12
这是改完后的路径
### openmpi 3.1.4 ###
export PATH=/home/zyf/openmpi-3.1.4/bin:$PATH

检查你有没有执行/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get_version.sh的权限。哪怕你不认识permission是什么意思，不认识denied是什么意思，好歹你查一查啊，别看到输出信息是英文的就不尝试去理解，一股脑丢到论坛上问别人，期望别人给你现成的答案

作者
Author: zhaoyanfei 时间: 2020-10-19 20:24

zjxitcc 发表于 2020-10-19 17:21
那你这连openmpi都没编译成功，更别提后面的步骤了。

你的openmpi压缩包不要在windows下解压，在子系 ...

感谢帮助，已经编译好了~

作者
Author: zhaoyanfei 时间: 2020-10-19 20:32

wzkchem5 发表于 2020-10-19 19:50
检查你有没有执行/home/zyf/openmpi314/openmpi-3.1.4/opal/mca/hwloc/hwloc1117/hwloc/config/hwloc_get ...

是的了，因为直接在Windows文件夹里解压的，要给权限。另外之前的环境配置也有点小问题，已解决，多谢回复~

作者
Author: abin 时间: 2020-10-19 20:43
抛弃微软那个残废系统，你根本遇不到这些问题。

用微软那个残废系统和附带的子系统，
就是给自己挖坑。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-19 23:30
windows就直接用windows版ORCA多好，何必用子系统，本身这还会损失一定性能

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