计算化学公社
标题:
求助Gromacs跑完后使用g_mmpbsa得不到最后的Binding energy
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作者Author:
十万嬉皮
时间:
2020-10-19 16:23
标题:
求助Gromacs跑完后使用g_mmpbsa得不到最后的Binding energy
软件： gromacs：因为租赁的服务器导师还没同意，于是自己在windows系统上装了公社内Gromacs 2019.6 GPU 加速版本， g_mmpbsa: 编译好的windows系统可运行的g_mmpbsa内置apbs的几个版本
个人问题：根据2020年8月的课程讲义听了一遍，由于个人专业问题所以很多基础知识很薄弱（林学森林保护学 化学生态学），个人知识不足，课题组内外只有一个师姐在做这个，但是她找了外包公司，问 她也是一问三不知，我们老师也对这方面没有指导性意见，所以问题我自己解决起来很吃力..希望有老师能帮帮我。最后的问题出现的流程我在下面给大家解释一下：
我第一次是先用了课程内的 amber14sb_parmbsc1.ff.tar的力场，然后拿去做了按照“蛋白-配体” 的流程走了一遍，前面的过程都能进行；
然后计算Bingding energy通过在群里询问sob老师，去了git-hub里面找教程，然后因为linux系统不方便使用（其实我装了虚拟机，也按照课程走了一遍，但是在复制文件进虚拟机的时候总出问题，拖拽的话文件总是会缺失数据，所以就想用windows版本的解决问题），然后根据上述拿到g_mmpbsa后，进行了案例1EBZ的模拟发现没有问题，结果和网页上给的结果是相同的；
出问题是在g_mmpbsa当中计算自己的蛋白配体的SASA，SAV过程中，会出现 “WARNING: Radius for atomtype "2C" not found. Assgning radius to 1.00"的警告，然后我在网上搜问题出在哪里，最后尝试修改rdvw到别的数值，还是不管用，于是我想或许是立场的问题，于是就换成了99sb-ildn，结果不再报出这个错误了；
但新的错误出现了，就是在最后的结果，在g_mmpbsa后面用第一个脚本mmpbsastat.py时ummary_energy.dat给出的结果当中Electrostatic energy为0，Polar solvation energy为nan，最后的结果Bindingenergy结果为nan；
于是我又继续找原因，我想了一下是不是我因为一开始转换所需要的xtc文件的时候用的是xtc所以有问题，我就重新跑得到trr文件再转换xtc，无果，仍然错误；
然后我觉得是我跑的时间太短，所以我就跑了200ns的，选取了当中比较稳定的一段时间导出，拿去跑g_mmpbsa，无果，仍然错误；
之后我以为是不是每隔100ps取一帧太少了，于是我每隔10ps去取了150ns到190ns的，这个时间跑了很久，无果，仍然错误；
然后我觉得是不是可能是这个软件的脚本有问题，于是我又把sob老师给的file文件内的protein_lig文件内做完模拟的体系放进去跑了一下，开心的是老师做完的体系是有结果的，那么问题就出在我这里，然后教程里老师用的是99sb-ildn，所以力场选择应该不是问题，所以我最后总结为我自己的tpr文件有问题，也就是最后一步的tpr文件有问题，但是三个mdp文件都是老师提供的，所以出问题的只能是再gmx2pdb过程中生成的拓扑文件和gro文件或者posre文件，我也好奇为什么自己常规分子动力学哪一项的tpr只有1000多kb，别人的都很大（我猜测可能是我蛋白的水分子有点少？）
之后我怀疑是不是自己加了-ignh，但是有老师和我说这一部忽略后会再加上，所以我就没做，我把自己蛋白配体结合文件（通过Autodock做出来的蛋白配体PDB文件z4ddd.pdb，截取出来的蛋白protein.pdb，配体GXC.mol2，未加入配体的拓扑文件topol.top付在压缩包里），然后如果有老师能告诉我问题出在哪里了感激不尽（内付了g_mmpbsa的错误文件）
作者Author:
十万嬉皮
时间:
2020-10-19 16:45
对不起老师，上面上传的protein.pdb protein.gro topol.top 上传错了，那是我胡乱修改后拿去实验的，结果是还是行不通的，我重新上传..
作者Author:
十万嬉皮
时间:
2020-10-19 20:22
老师们不用看了，我又重新一步一步对照着看了一下问题出在哪里，在一个一个文件排查之后，发现自己漏了很关键的一步，就是在教材的197面的”凭借化学直觉排查一下产生.itp文件中的原子电荷是否合理，我一直以为这一步在原始文件中会自己带上，但没想到自己得到的itp文件原子电荷的值全都是0！！！自己还傻傻的一直在群里问，希望有能帮到和我犯一样错误的人，但希望除我外再没有人犯这种错误了
作者Author:
eagletyr
时间:
2020-10-25 21:32
对于第3个问题，由于abmer14力场里有原子类型2C和3C（均是beta C原子等），g_mmpbsa找不到此原子类型，但根据g_mmpbsa原文的支撑信息里可以看到，这些C原子的半径应该用0.177 nm，所以在计算时需要重新指定 -rvdw 0.177 。虽然结果上几乎没什么差别。
作者Author:
十万嬉皮
时间:
2020-10-26 10:59
eagletyr 发表于 2020-10-25 21:32
对于第3个问题，由于abmer14力场里有原子类型2C和3C（均是beta C原子等），g_mmpbsa找不到此原子类型，但根 ...
谢谢老师！我下一次做的时候就拿来用（感觉还是用新一些的力场比较好
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