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标题: 含金属的离子生成itp求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2020-10-19 19:13
标题: 含金属的离子生成itp求助
各位老师好，我想模拟一下H2VO4-、V3O93-这些含有金属钒的离子，利用acpype.py等不能够生成，我该如何得到其itp文件，本人小白请各位老师能够详细指点一下，万分感谢。（我只知道好像可以利用高斯扫描势能面，然后不知道该怎么做）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-19 23:34
用UFF，支持周期表里几乎所有元素，下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

但UFF的质量很一般，某些体系可能描述得明显不合理，必要时考虑自己调节参数（对于只是维持结构刚性的目的，对参数精度不敏感）。

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-10-20 11:04

sobereva 发表于 2020-10-19 23:34
用UFF，支持周期表里几乎所有元素，下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
...

请问老师，一个分子用UFF力场产生的itp，另一个分子用acpype.py产生itp能否混合使用。利用acpype产生的_GMX_OPLS.itp 是基于OPLS力场 _GMX.itp是基于什么力场呢。

作者
Author: sun666 时间: 2020-10-20 14:43

sobereva 发表于 2020-10-19 23:34
用UFF，支持周期表里几乎所有元素，下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
...

老师我做的就是需要对这些离子和有机分子的作用进行分析，该如何使参数尽可能精确，或者怎么说明UFF力场生成的参数是足够精确的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-21 11:39

孙宝刚发表于 2020-10-20 11:04
请问老师，一个分子用UFF力场产生的itp，另一个分子用acpype.py产生itp能否混合使用。利用acpype产生的_G ...

不能混用

acpype默认情况下没后缀的是基于GAFF力场的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-21 11:40

sun666 发表于 2020-10-20 14:43
老师我做的就是需要对这些离子和有机分子的作用进行分析，该如何使参数尽可能精确，或者怎么说明UFF力场 ...

用UFF就注定意味着不可能精确，本来这就是对于没有当前情况下的专一性力场的时候凑合用的力场

衡量精确程度看你具体研究什么问题。诸如对结构的描述精度，就在UFF下优化，和可靠的量子化学级别下优化的结构进行对比

作者
Author: sun666 时间: 2020-10-21 19:36

sobereva 发表于 2020-10-21 11:40
用UFF就注定意味着不可能精确，本来这就是对于没有当前情况下的专一性力场的时候凑合用的力场

衡量精 ...

谢谢老师
1.我想做的是有机分子和H3VO4分子在水油界面上形成H键的模拟。全部使用UFF力场审稿人是否会挑毛病。
2.还想请教水模型的问题我在http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/网站上生成的itp中[defaults]为：
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 1.0 1.0
我看GMX自带的charmm力场中forcefield.itp的[defaults]跟UFF生成的一样是否可以直接用charamm力场中的tip3p.itp文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-22 05:29

sun666 发表于 2020-10-21 19:36
谢谢老师
1.我想做的是有机分子和H3VO4分子在水油界面上形成H键的模拟。全部使用UFF力场审稿人是否会挑 ...

1 很有可能
2 从实际角度来说可以，至少值得试试效果。但毕竟两种力场获得范德华参数的做法不同，不排除审稿人在兼容性上叽叽歪歪的可能

作者
Author: sun666 时间: 2020-10-22 19:38
本帖最后由 sun666 于 2020-10-22 19:53 编辑

sobereva 发表于 2020-10-22 05:29
1 很有可能
2 从实际角度来说可以，至少值得试试效果。但毕竟两种力场获得范德华参数的做法不同，不排除 ...

那想请教老师，既然有被审稿人挑毛病的风险，我想更加精确一些，所以请问老师如何自己拟合H3VO4的适用于opls-aa的力场参数。因为我打算有机物分子用OPLS-AA力场。我可以计算键能和二面角能，但是不知道怎么应用到力场中，请老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-24 10:05

sun666 发表于 2020-10-22 19:38
那想请教老师，既然有被审稿人挑毛病的风险，我想更加精确一些，所以请问老师如何自己拟合H3VO4的适用于o ...

自行拟合，诸如用seminario方法等，然后把参数写到拓扑文件里

作者
Author: 科大小盒 时间: 2023-3-14 14:31

sobereva 发表于 2020-10-24 10:05
自行拟合，诸如用seminario方法等，然后把参数写到拓扑文件里

老师您好，我想用二价铁离子跟铁蛋白跑gromacs，现在也是在生成铁离子itp文件时出了问题，想和您请教一下

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-14 14:49

科大小盒发表于 2023-3-14 14:31
老师您好，我想用二价铁离子跟铁蛋白跑gromacs，现在也是在生成铁离子itp文件时出了问题，想和您请教一下

去抄作业
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

作者
Author: 科大小盒 时间: 2023-3-14 15:39

牧生发表于 2023-3-14 14:49
去抄作业
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

谢谢哥，我研究研究

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)