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标题: IRC产物与反应物结构相同 [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2015-10-30 10:15
标题: IRC产物与反应物结构相同
1.IRC得到的反应物和产物的结构一样，都跑到产物去了，请问是将stepsize调大还是调小，目前是10。
2. IRC得到的结构如图所示， (, 下载次数 Times of downloads: 34) ，将此结构优化后得到的结构如下， (, 下载次数 Times of downloads: 36) ，请问这样的话过渡态有问题吗？可以说这两个结构是同一种东西吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-30 11:24
1 过渡态搜索时opt=tight int=ultrafine，乃至用calcall，让过渡态定位准一些再跑IRC。还不行的话就把步长加大，默认是10，可以尝试20甚至30。

2 不知道你的IRC跑成了什么程度。如果IRC曲线最后还没平坦，应该IRC尽量跑长，再拿末尾的结构继续优化。而且优化的时候为稳妥建议用较小的步长上限（如maxstep=5,notrust），免得一优化，一下子穿越小势垒跑到其它极小点去。

作者
Author: lei234 时间: 2015-10-30 15:25

sobereva 发表于 2015-10-30 11:24
1 过渡态搜索时opt=tight int=ultrafine，乃至用calcall，让过渡态定位准一些再跑IRC。还不行的话就把步长 ...

可以说图中的两个结构是一样的吗？（本来也差不多啊，一个上面的分子是平的，一个竖起来而已）IRC尽量跑长的意思是maxpoint设置大一点儿吗，现在已经是100了。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-30 16:28

lei234 发表于 2015-10-30 15:25
可以说图中的两个结构是一样的吗？（本来也差不多啊，一个上面的分子是平的，一个竖起来而已）IRC尽量跑 ...

不在于点数多少，关键都跑到尽量接近极小点。如果还没跑平坦说明还能继续跑。

这两种结构相差明显，特别是氢键都完全不同

作者
Author: lei234 时间: 2015-10-30 17:10

sobereva 发表于 2015-10-30 16:28
不在于点数多少，关键都跑到尽量接近极小点。如果还没跑平坦说明还能继续跑。

这两种结构相差明显，特 ...

那您说的尽量跑长点儿翻译成关键字是指哪个？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-31 05:39

lei234 发表于 2015-10-30 17:10
那您说的尽量跑长点儿翻译成关键字是指哪个？

就是指maxpoints设得很大，直到程序发现跑到了极小点才自动终止。但是跑得过程也应当注意时不时监控，看看跑到哪了。

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Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-10-31 08:33
我也遇到过好多次这样的情况，然后是拿去重新找过渡态的

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Author: wyy015020 时间: 2019-1-14 19:35

hcxytpp@163.com 发表于 2015-10-31 08:33
我也遇到过好多次这样的情况，然后是拿去重新找过渡态的

请问您是将过渡态的结构作为新的初猜结构，然后拿去重新优化吗？最后优化得到的过渡态结构和之前的结构差别大不大？

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Author: wangxiaofeng 时间: 2022-10-6 11:51
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-10-6 15:55 编辑

sobereva 发表于 2015-10-30 16:28
不在于点数多少，关键都跑到尽量接近极小点。如果还没跑平坦说明还能继续跑。

这两种结构相差明显，特 ...

老师，您好！我也遇到了同样的情况做IRC两侧的结构相同，也尝试了手动左右拉Manual Displacement 保存结构去优化，发现优化出的结构也是一样的。结构已经上传了，请问是因为过渡态不对，还是别的原因？通过百度网盘分享的文件：TS.zip
链接:https://pan.baidu.com/s/15h_AyIwMt2G6aBINoScsDA
提取码:3e8t
复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」

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Author: sobereva 时间: 2022-10-6 20:15

wangxiaofeng 发表于 2022-10-6 11:51
老师，您好！我也遇到了同样的情况做IRC两侧的结构相同，也尝试了手动左右拉Manual Displacement 保存结 ...

你这是优化极小点任务，不是算过渡态任务
上传chk文件没有意义

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Author: wangxiaofeng 时间: 2022-10-7 09:42

sobereva 发表于 2022-10-6 20:15
你这是优化极小点任务，不是算过渡态任务
上传chk文件没有意义

老师，您的意思是固定优化的得到的结果只是优化极小点，不算是过度态吗？固定优化不是寻找过渡态的方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-8 17:06

wangxiaofeng 发表于 2022-10-7 09:42
老师，您的意思是固定优化的得到的结果只是优化极小点，不算是过度态吗？固定优化不是寻找过渡态的方法吗 ...

当然不是，你对找过渡态有关键性误区
Gaussian支持什么方式找过渡态看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

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