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标题: 300个原子左右的体系找过渡态时的收敛限求助 [打印本页]

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-20 19:17
标题: 300个原子左右的体系找过渡态时的收敛限求助
请教大家一个问题，
我现在有一个300个原子左右的体系想寻找过渡态，用b3lyp-d3(bj)/def2svp（对重原子用def2-tzvp）这个级别计算也需要很久。体系很大感觉不太容易看到趋势，现在动辄3，4天才有一个结果。
我在考虑能否用scf=conver=N这样的指令，通过放款收敛限度来减短计算的周期，这样会有效果吗？出来的结果是可信的吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-20 19:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-10-20 19:26 编辑

十分不建议降低SCF收敛标准。如果用的是g16，你又恰好用的是b3lyp-d3(bj)，可以写上g09defaults省不少时间，找到过渡态以后再去掉g09defaults算。

另外，可以用些技巧节省计算量，例如反应中心十几个原子原子是自由的，周围几百个原子冻结，找到过渡态以后再放开限制、找过渡态，前提是你的初始结构挺合理的。

也可以先去掉没用的取代基，找到过渡态以后再加回来。很多技巧。

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-20 19:47
建议先上半经验看看，如果不行可以暂时降低双电子积分精度，还有只把反应部分挖出来也可以

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-20 19:47

zjxitcc 发表于 2020-10-20 19:23
十分不建议降低SCF收敛标准。如果用的是g16，你又恰好用的是b3lyp-d3(bj)，可以写上g09defaults省不少时间 ...

感谢您的提议，现在用的是g09 E.01，本身的收敛标准可能比g16宽松一点。
任务是基于一个不对称催化的反应计算两种过渡态的自由能垒差。已经找到一个了，但是找第二个的过程感觉和第一个差别很大。我不太清楚您提的先冻结再放开对我的体系是否有效，因为感觉附近的几百个原子的优化的时候位移都不算小，但这听起来是个值得一试的方法，非常感谢。

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-20 19:57

biogon 发表于 2020-10-20 19:47
建议先上半经验看看，如果不行可以暂时降低双电子积分精度，还有只把反应部分挖出来也可以

用IOp(5/38=x) 降低双电子积分精度吗？只把反应部分挖出来感觉应该不行，这是一个不对称催化的case study

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-20 20:12

axuanyan 发表于 2020-10-20 19:47
感谢您的提议，现在用的是g09 E.01，本身的收敛标准可能比g16宽松一点。
任务是基于一个不对称催化的反 ...

不是收敛标准的问题，g16的SCF比g09改进不少，速度更快，这也是省时间的一种方法；在g16里加上g09defaults关键词，可以算出与g09（几乎）一样的结果，但时间更短。

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-20 20:17

axuanyan 发表于 2020-10-20 19:57
用IOp(5/38=x) 降低双电子积分精度吗？只把反应部分挖出来感觉应该不行，这是一个不对称催化的case study

g09的话还没法降低双电子积分精度了，这种情况先试试半经验找吧

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-20 20:21

zjxitcc 发表于 2020-10-20 20:12
不是收敛标准的问题，g16的SCF比g09改进不少，速度更快，这也是省时间的一种方法；在g16里加上g09default ...

了解了，谢谢

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-20 20:25

biogon 发表于 2020-10-20 20:17
g09的话还没法降低双电子积分精度了，这种情况先试试半经验找吧

好的，谢谢

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-20 20:27

axuanyan 发表于 2020-10-20 20:25
好的，谢谢

建议用xtb

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-21 03:27
g16下做opt任务，即便你用scf=conver=N降低收敛限，程序也会提示SCF收敛精度不够高根本不给你算
这么大体系的过渡态搜索，显然首先想到在不显著影响反应位点的电子结构特征的前提下恰当简化体系，至少把不重要区域的原子用小基组，例如

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作者
Author: axuanyan 时间: 2020-10-21 14:54

sobereva 发表于 2020-10-21 03:27
g16下做opt任务，即便你用scf=conver=N降低收敛限，程序也会提示SCF收敛精度不够高根本不给你算
这么大体 ...

好的，感谢sob老师

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