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标题: 求助：为什么在配置文件里一共run了6000W步，算出来结果只有3000个frame？ [打印本页]

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-10-21 14:30
标题: 求助：为什么在配置文件里一共run了6000W步，算出来结果只有3000个frame？
求助：为什么在配置文件里一共run了6000W步，算出来结果只有3000个frame？
这是我的配置文件：
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## JOB DESCRIPTION                                        ##
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# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Box

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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
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structure       /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/1bbl.psf
coordinates    /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/1bbl.pdb

set temperature 310
set outputname    eq

firsttimestep    0

# continuing a run
set inputname /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/min/min  ;#only need to edit this in one place!
bincoordinates $inputname.coor ;# coordinates from last run (binary)
#binvelocities  $inputname.vel    ;# velocities from last run (binary)
extendedSystem $inputname.xsc    ;# cell dimensions from last run

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## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
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# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       14.0

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 53.674 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 53.991  0.0
cellBasisVector3    0.0 0    51.618
cellOrigin       -5.023  2.199  -0.741

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing    1.0

#manual grid definition
PMEGridSizeX    64
PMEGridSizeY    64
PMEGridSizeZ    64

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2000 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          2000
xstFreq          2000
outputEnergies    2000
outputPressure    2000

#Elect field
eFieldon    yes
eField    1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
eField    -1.38 0.0 0.0
run 3000000
eField    0 0.0 0.0
run 3000000
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

我的结果显示只有3000frame 【如图】

请问问题出在哪里了？感激不尽！

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-10-21 15:26
你跑的是600W步吧，2000帧存一步，就是3000帧

作者
Author: 枝昂昂昂 时间: 2020-10-21 18:24

fhh2626 发表于 2020-10-21 15:26
你跑的是600W步吧，2000帧存一步，就是3000帧

电场那里一共不是run了6000W吗？每一个都是300W。

作者
Author: WVzzz 时间: 2021-6-23 09:51
步数和帧数不一样，dcdfreg2000，表示2000步往dcd轨迹文件存1帧

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