计算化学公社

标题: 再次问一个dmol3搜索过渡态的问题 [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-10-30 10:59
标题: 再次问一个dmol3搜索过渡态的问题
最近想计算氧化亚铜111面分解水的过渡态，也固定了原子，什么都是按照文献来的，结果就是搜索不出来过渡态，附上文件，还望高手赐教，计算过渡态运用的是dmol3模块。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-30 15:14
@jiewei 要不兄台帮忙看看？

最近实在有点忙，学校节点和家里的计算机都跑满了，不着急的话过段时间再说。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-10-30 17:01

卡开发发发表于 2015-10-30 15:14
@jiewei 要不兄台帮忙看看？

最近实在有点忙，学校节点和家里的计算机都跑满了，不着急的话过段时间再说 ...

好的，兄弟，没问题，这个问题我倒不急，只要能弄明白就行，兄台有时间就捣鼓下，多谢了！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-30 23:36

zyj19831206 发表于 2015-10-30 17:01
好的，兄弟，没问题，这个问题我倒不急，只要能弄明白就行，兄台有时间就捣鼓下，多谢了！

客气，多交流能学到很多东西

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-10-31 11:10

卡开发发发表于 2015-10-30 23:36
客气，多交流能学到很多东西

兄台有空就帮我看一下，我这个也尝试了好多次，老是不行，你是高手！

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2015-11-2 14:45
粗看了一下，反应物和产物是一样的？产物是否建错了？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-3 21:24

wgbigfatcat 发表于 2015-11-2 14:45
粗看了一下，反应物和产物是一样的？产物是否建错了？

没有啊，你看下水分子中氧原子与骨架中的Tii原子之间的键？

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2015-11-4 14:15

(, 下载次数 Times of downloads: 65)
如果所示，键长都一样的。看起来都一个化合物啊。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-4 16:36

zyj19831206 发表于 2015-11-3 21:24
没有啊，你看下水分子中氧原子与骨架中的Tii原子之间的键？

发来的构型确实一样，我重新建立模型在做呢

作者
Author: wgbigfatcat 时间: 2015-11-5 09:51

卡开发发发表于 2015-11-4 16:36
发来的构型确实一样，我重新建立模型在做呢

我也重新建立了一个模型，正在算。不过我没有这个dmol3的书。不知道zyj19831206是否方便把相关页码发出来，对比一下。@zyj19831206

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-5 12:30

wgbigfatcat 发表于 2015-11-5 09:51
我也重新建立了一个模型，正在算。不过我没有这个dmol3的书。不知道zyj19831206是否方便把相关页码发出来 ...

兄弟，这个图片是有关的文献细节，这本书是创腾的培训教材，可惜没有电子版，兄弟如果算出来了，把反应物和产物的结构给发一下，多谢了啊！！！

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-5 12:31

卡开发发发表于 2015-11-4 16:36
发来的构型确实一样，我重新建立模型在做呢

兄弟，不好意思，可能是我建模有错误？？？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-11 02:20

zyj19831206 发表于 2015-11-5 12:31
兄弟，不好意思，可能是我建模有错误？？？

重新建模算了一下估计够呛，文献的过渡态离反应物也有点太近了，很怀疑这个“过渡态”优化过可能就成了反应物的构型。

全文可圈可点的问题很多，比如真空层太薄，层高太薄，固定导致不物理的情况出现。如果full relax的话估计可能会有很明显的再构。从全文来看，应该是溶液体系，原则上要考虑溶剂化效应。要注意的是，对于过渡金属，DMol3可能没有内置的溶剂化半径，这个要想想办法。

Appl Surf Sci的文章我向来没啥好印象。对于这个体系，有兴趣的话不妨按照我说的重新做一下，也许有不一样的结论。

最后需要注意的是，在重复MS 4.x以及更正的版本计算得到的结果时，某些内置参数可能不同，如果要再现可能需要MS40_Compat、MS41_Compat这两个关键字。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-18 02:06

卡开发发发表于 2015-11-11 02:20
重新建模算了一下估计够呛，文献的过渡态离反应物也有点太近了，很怀疑这个“过渡态”优化过可能就成了反 ...

不知道这个是不是其虚频，大概为-413左右，用ts conformation也显示有极小值。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-12-18 10:24

zyj19831206 发表于 2015-12-18 02:06
不知道这个是不是其虚频，大概为-413左右，用ts conformation也显示有极小值。

就这一个虚频？你做做过渡态优化看看？TS confirm显示有极小值，MEP Path的图发来看看？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-18 10:25

卡开发发发表于 2015-12-18 10:24
就这一个虚频？你做做过渡态优化看看？TS confirm显示有极小值，MEP Path的图发来看看？

虚频有好几个，但其他几个非常小，几乎可以忽略。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-12-18 11:45

zyj19831206 发表于 2015-12-18 10:25
虚频有好几个，但其他几个非常小，几乎可以忽略。

看起来不像是沿着反应方向的，你要不然先做做过渡态优化看看。不过这样的计算做起来也就没啥意义了。

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