计算化学公社

标题: gromacs进行MD完成之后，去除周期性，rmsd的结果还是上下跳动，如何解决 [打印本页]

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-10-22 11:43
标题: gromacs进行MD完成之后，去除周期性，rmsd的结果还是上下跳动，如何解决
gromacs进行MD完成之后，去除周期性，rmsd的结果还是上下跳动，如何解决
去除周期性命令gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
设置盒子gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
到底哪里出现了问题，望各位老师解答[attach]29475[/attach]

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-23 06:11
别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了，也甭用非矩形盒子

如果在VMD里看轨迹能看到蛋白质是完整、连续的，用VMD计算RMSD曲线

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2020-10-23 09:28

sobereva 发表于 2020-10-23 06:11
别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了，也甭用非矩形盒子

小白求问sob老师，在mdp中如何设置来消除平动组

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-24 10:07

计算小菜鸡发表于 2020-10-23 09:28
小白求问sob老师，在mdp中如何设置来消除平动组

comm-grps = protein
comm-mode = angular

作者
Author: 猛虎下山嗷嗷嗷 时间: 2023-9-10 21:15

sobereva 发表于 2020-10-24 10:07
comm-grps = protein
comm-mode = angular

想请教一下sob老师，这个是在md.mdp中修改嘛？具体要加在哪行嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-10 21:41

猛虎下山嗷嗷嗷发表于 2023-9-10 21:15
想请教一下sob老师，这个是在md.mdp中修改嘛？具体要加在哪行嘛？

是

这种问题自己看手册便知

作者
Author: 猛虎下山嗷嗷嗷 时间: 2023-9-11 15:15

sobereva 发表于 2023-9-10 21:41
是

这种问题自己看手册便知

好滴，谢谢sob老师。

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-6-3 15:57

猛虎下山嗷嗷嗷发表于 2023-9-11 15:15
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

楼主解决这个问题了吗？加入以后rmsd可以了吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)