计算化学公社

标题: gmx pdb2gmx对pdb文件有哪些要求？ [打印本页]

作者
Author: cheviax 时间: 2020-10-22 18:18
标题: gmx pdb2gmx对pdb文件有哪些要求？
RT，在gmx pdb2gmx命令中使用由gaussview生成的pdb文件出现了错误，好像是第四列（每种内容视为一列的话）有问题，只知道在冻结等操作中可以用它做分组标签，不知道具体含义是什么？

错误信息如下：
Fatal error:
Residue 'G1' not found in residue topology database

力场和水分子模型试过好多个了都是这样。

下面是所用的pdb文件中的一行：
HETATM 1 C G1 X 3 -1.228 2.127 0.000 C

是个单层石墨烯的模型，hetatm换成atom也会出现同样的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-23 05:54
仔细理解rtp文件的内容就知道了
pdb文件里出现的残基名必须都是rtp文件里定义的

作者
Author: cheviax 时间: 2020-10-23 09:29
谢谢sob老师。
看了下各个力场中的rtp文件，发现多数只有氨基酸、dna、rna三种，charmm27多一个脂类，如果要用其他类型的pdb文件是不是就意味着要另找一个力场来用呢？
还是说可以把它当成其中一种来用

作者
Author: lao7 时间: 2020-10-29 16:07
本帖最后由 lao7 于 2020-10-29 17:14 编辑

不是PDB文件有问题，而是PDB文件对应的itp文件里面，gromacs力场没有相应的结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 13:14

cheviax 发表于 2020-10-23 09:29
谢谢sob老师。
看了下各个力场中的rtp文件，发现多数只有氨基酸、dna、rna三种，charmm27多一个脂类，如果 ...

显然也可以自己往rtp里补充相应内容

作者
Author: hhyzpl 时间: 2021-6-8 17:01

sobereva 发表于 2020-11-1 13:14
显然也可以自己往rtp里补充相应内容

老师，您好。我也遇到了同样的问题，但是我找不到相应的SAM的top文件向RTP中加入，该怎么办呢？打扰了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 18:52

hhyzpl 发表于 2021-6-8 17:01
老师，您好。我也遇到了同样的问题，但是我找不到相应的SAM的top文件向RTP中加入，该怎么办呢？打扰了

说清楚SAM指什么

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)