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标题: 用簇模型计算CaO(100)表面吸附C2H4求助 [打印本页]

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Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-22 21:58
标题: 用簇模型计算CaO(100)表面吸附C2H4求助
【一. 建立并优化 CaO(100) 表面】
1. 建立了 Ca16O16点电荷模型
(1) 两层 CaO；
(2) 除了吸附表面外，其余面各自向外加了两层点电荷；形式电荷为+2，-2。

2. 计算能量——CaO.gif
可以收敛。

3. 优化及频率计算——CaO_opt_freq.gif
在除了 3,6,28,29 四个原子外，其余原子全部固定情况下，做了优化和频率计算；
可以收敛，且无虚频。

---疑问---
      两篇论文，1）徐艺军等 NO 在 MgO（ 001）缺陷表面吸附解离的量子化学研究 和 2）陈文凯等 簇模型 ZnO(10 10)面上吸附 CO2 的密度泛函理论研究，提到(1) “表面弛豫”和“重构效应”;（2）“极化表面”与“非极化表面”；(3)“电荷自洽方法”设定点电荷电量
      看完上面的论文以及在建模和计算设定时有几个不清楚的地方，劳教老师解答：
（1）后续研究CaO催化含苯环有机物的双分子反应，建立(m*n*p)的切面合适？
         （12核的CPU，wb97xd/6-31g**/Ca用lanl2dz，当前是2个Ca和2个O，是否够用？若不够用，表面Ca,O原子多少合适？）；
（2）极化表面和非极化表面概念是什么？需要考虑CaO(100)是否为极化表面吗？若是极化表面/非极化表面，需要在gif中加入哪些额外设定？
（3）我在前面做的限制性优化，是不是就是让 3,6,28,29 四个原子弛豫和重构啊？
（4）CaO的点电荷使用形式电荷+2和-2，可以吗？
（5）优化时需要加 nosymm 关键词吗？

【二. 吸附C2H4优化计算】
1. 使用上面优化好的CaO作为输出文件，加入优化后的C2H4分子，结构为下面的gif
2. 复制前面点电荷坐标位置和基组，补充 H和C的基组—6-31g**
3. 除了 3,6,28,29 和C、H原子外，其他Ca和O原子固定
      做能量和频率计算，可以收敛——CaO_C2H4_energy_freq.gif
4. 改变计算任务——CaO_C2H4_opt_freq.gif
      做优化计算，不能收敛；
      尝试不同 C2H4 位置，依旧不能收敛，优化朝着 C2H4 解离方向进行。

---疑问---
相关文件已上传。
（1）请问这些高斯输入文件的设置正确吗？如不正确，麻烦老师指出问题并纠正错误；
（2）如何解决上述CaO吸附C2H4优化计算时遇到的“优化朝着 C2H4 解离方向进行”的问题？请问老师是如何操作的，我该朝着什么方向改进？

万分感谢老师的指点、指导和帮助！

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-23 05:53
不要自己手动在标题里写[Gaussian/gview]这种标签，给你去掉了

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-23 08:47
这个氧化钙簇看上去是偏小了，首先有个疑问是乙烯怎么吸附到氧化钙表面的

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-23 10:36

biogon 发表于 2020-10-23 08:47
这个氧化钙簇看上去是偏小了，首先有个疑问是乙烯怎么吸附到氧化钙表面的

感谢解答！请问老师，C2H4是不能吸附，还是物理吸附？不能吸附，C2H4也不应该解离吧？

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-23 10:38

sobereva 发表于 2020-10-23 05:53
不要自己手动在标题里写[Gaussian/gview]这种标签，给你去掉了

辛苦sob老师了！sob老师，请问您能帮我分析一下上面遇到的问题吗？谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-23 19:01

三只科研鼠发表于 2020-10-23 10:36
感谢解答！请问老师，C2H4是不能吸附，还是物理吸附？不能吸附，C2H4也不应该解离吧？

你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-23 23:16

wzkchem5 发表于 2020-10-23 19:01
你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

诶？诶？犯了低级错误，

谢谢指正！

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-24 23:10

wzkchem5 发表于 2020-10-23 19:01
你点电荷位置加错了，应该在CaO层的下面，你加在了乙烯上面。结果电荷把乙烯拆散了。

您好，位置摆放正确，电荷没有放反，检查无误了😩

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-25 19:55

三只科研鼠发表于 2020-10-24 23:10
您好，位置摆放正确，电荷没有放反，检查无误了😩

你确定？
你看Ca原子和O原子的z坐标都是+1和-1左右，C2H4的z坐标在+3左右，但电荷的z坐标大于等于+5，明显电荷在乙烯的上面。
可能是结构优化的时候高斯把CaO、C2H4的坐标平移了，但是你没有把点电荷的位置也做平移。

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-26 09:40
本帖最后由三只科研鼠于 2020-10-26 10:05 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-25 19:55
你确定？
你看Ca原子和O原子的z坐标都是+1和-1左右，C2H4的z坐标在+3左右，但电荷的z坐标大于等于+5，明 ...

谢谢老师提醒！我正在排查是不是这个原因，目前正在看限制性优化的帖子： http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html

作者
Author: 小聪仔 时间: 2023-1-28 15:57
楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO，而不是构建CaO晶胞？看了论文没找到原因
2.看论文需要添加真空层，请问如何添加？
3.如何固定原子？
4.选用WB9XD，GENECP的依据是什么？
5.吸附表面要构建切面吗？如何建立切面？

十分感谢您的回答！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-28 17:30

小聪仔发表于 2023-1-28 08:57
楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO， ...

1. 因为用的是高斯，基本只能做孤立体系计算。如果用VASP等软件，就应该建晶胞了
2. 添加真空层是周期性体系计算才有的概念，团簇模型不需要
3. http://gaussian.com/opt/
4. http://sobereva.com/272、http://sobereva.com/373
5. http://sobereva.com/540

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-28 21:33

小聪仔发表于 2023-1-28 15:57
楼主您好，我也是新手，我研究Ce改性CaO吸附重金属分子，有几个问题请教一下：
1.为什么用簇模型构建CaO， ...

这种问题用CP2K当周期性体系做计算比用量化程序好用得多，届时画风完全不同

这些零基础性的问题在3月份的北京科音的CP2K培训班里全都会讲到

作者
Author: 小聪仔 时间: 2023-1-31 19:56

wzkchem5 发表于 2023-1-28 17:30
1. 因为用的是高斯，基本只能做孤立体系计算。如果用VASP等软件，就应该建晶胞了
2. 添加真空层是周期性 ...

好的，感谢老师的解答，我再去好好看看帖子。

作者
Author: 小聪仔 时间: 2023-1-31 19:56

sobereva 发表于 2023-1-28 21:33
这种问题用CP2K当周期性体系做计算比用量化程序好用得多，届时画风完全不同

这些零基础性的问题在3月 ...

好的，感谢老师的回答！

作者
Author: dhlylydh 时间: 2024-7-27 23:10

sobereva 发表于 2020-10-23 05:53
不要自己手动在标题里写[Gaussian/gview]这种标签，给你去掉了

我用CaO的原始晶胞扩胞并在中间掏出圆柱形的管道用packmol填充CO2，但我无论怎么修改模型在最小化的过程中压力总为nan，最小化过程成功的话后续进行nvt模拟过程几千步后也为nan

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