计算化学公社

标题: 求助：GROMACS如何模拟真空沉积过程 [打印本页]

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2020-10-23 14:49
标题: 求助：GROMACS如何模拟真空沉积过程
各位老师好，最近在学习GROMACS的模拟，通过文献了解到GROMACS可以对真空沉积过程进行动力学模拟，请教一下各位老师下面谈到的“每100ps向基板沉积一个主体/发光分子”应该如何通过输入文件的编写来实现（或者需要什么特殊的建模程序），谢谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-24 05:16
gromacs没法直接实现。
必须自行写shell脚本自动化这个过程。写个循环，每次只跑100ps，然后脚本自动往gro文件里添加一个新的分子，自动修改拓扑文件，自动grompp然后mdrun

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-10-24 09:01
shell+awk即可解决。注意每次插入分子的位置随机性以及每次开始都应该使用上一步的速度

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2020-10-24 22:08

sobereva 发表于 2020-10-24 05:16
gromacs没法直接实现。
必须自行写shell脚本自动化这个过程。写个循环，每次只跑100ps，然后脚本自动往gro ...

好的，谢谢sob老师指导

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2020-10-24 22:08

liuyuje714 发表于 2020-10-24 09:01
shell+awk即可解决。注意每次插入分子的位置随机性以及每次开始都应该使用上一步的速度

好的，多谢指导

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-8-24 15:22
请问您解决了吗，我也在做这篇文章的东西，现在还没搞清楚

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)