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标题: 请问constraints语法怎么写，刚从gromacs转来 [打印本页]

作者
Author: cavalier 时间: 2020-10-24 15:08
标题: 请问constraints语法怎么写，刚从gromacs转来
我原先是用gromacs研究水和冰相的，刚刚转入第一性原理。
随便构建了一个石墨烯上放了几个水分子的模型。
一跑发现C原子和H，O原子全部都散掉了，到处跑。
于是类似于gromacs冻结，我就在ATOMIC_POSITIONS里碳原子后面都加了3个0，石墨烯是冻结住了。
但是水分子要怎么保持分子形态？我不太理解，第一性原理没有共价键这种的吗？
目前我尝试用CONSTRAINTS中的type_coord将O和H原子都约束住，也不确定思路对不对，反正语法是肯定没写对，是否有人可以解答一下constraints的语法是怎么个格式？

Syntax:

CONSTRAINTS
nconstr { constr_tol }

constr_type(1) constr(1)(1) constr(2)(1) [ constr(3)(1)   constr(4)(1)   ] { constr_target(1) }
constr_type(2) constr(1)(2) constr(2)(2) [ constr(3)(2)   constr(4)(2)   ] { constr_target(2) }
. . .
constr_type(nconstr) constr(1)(nconstr) constr(2)(nconstr) [ constr(3)(nconstr)   constr(4)(nconstr)   ] { constr_target(nconstr) }

constr_tol该填多少呢？constr(4)说是smoothing parameter，又该填多少合适呢？这两个我目前都随便填的
而且我实际上还是有点看不懂他的格式的，我现在是这么写的：
CONSTRAINTS
1 3.0
  type_coord O H 1.2 1
报错的，估计是格式问题
多谢帮助！！！

作者
Author: cavalier 时间: 2020-10-25 10:34
另外，请问一下QE有没有tutorial之类的，或者一些输入文件的实例？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 13:39

cavalier 发表于 2020-10-25 10:34
另外，请问一下QE有没有tutorial之类的，或者一些输入文件的实例？

qe目录下的test-suite里有一大堆测试任务，README文件里说了都是干什么的，可以当成例子

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constr_type(1)	constr(1)(1)	constr(2)(1)	[	constr(3)(1)	constr(4)(1)	]	{	constr_target(1)	}
constr_type(2)	constr(1)(2)	constr(2)(2)	[	constr(3)(2)	constr(4)(2)	]	{	constr_target(2)	}
. . .
constr_type(nconstr)	constr(1)(nconstr)	constr(2)(nconstr)	[	constr(3)(nconstr)	constr(4)(nconstr)	]	{	constr_target(nconstr)	}