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标题: 请教如何向溶液盒子里同时加入两种以上的离子（有新问题需要请教） [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2020-10-25 16:21
标题: 请教如何向溶液盒子里同时加入两种以上的离子（有新问题需要请教）
本帖最后由牧生于 2020-10-26 08:39 编辑

已经得到了CTAB离子的水溶液，向溶液中加入10个Br的命令为

gmx genion -s CTAB.tpr -nname BR -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 10 BR ions.                      （加入10个BR，没有问题）
Select a continuous group of solvent molecules
Group    0 (       System) has 16300 elements
Group    1 (       Other) has 620 elements
Group    2 (          MOL) has 620 elements
Group    3 (       Water) has 15680 elements
Group    4 (          SOL) has 15680 elements
Group    5 (    non-Water) has 620 elements

但是，如果我想向溶液中加入10 个K，使用命令为
gmx genion -s CTAB.tpr -pname K -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro
返回结果为
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 K ions and 10 CL ions.                （疑问在此：-pname K -nn 10，是加入10个带正电的K啊，但是返回结果是带负电的CL，说明我的写法是有错的？？？  找到原因了，其实应该为-pname K -np 10）
Select a continuous group of solvent molecules
Group    0 (       System) has 16300 elements
Group    1 (       Other) has 620 elements
Group    2 (          MOL) has 620 elements
Group    3 (       Water) has 15680 elements
Group    4 (          SOL) has 15680 elements
Group    5 (    non-Water) has 620 elements

如果使用
gmx genion -s CTAB.tpr -nname K -nn 10 -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Reading file CTAB.tpr, VERSION 2020.3-MODIFIED (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 10 K ions.                （疑问： -nname K -nn 10 这个命令，不是应该加入阴离子的吗？？？？）
Select a continuous group of solvent molecules
Group    0 (       System) has 16300 elements
Group    1 (       Other) has 620 elements
Group    2 (          MOL) has 620 elements
Group    3 (       Water) has 15680 elements
Group    4 (          SOL) has 15680 elements
Group    5 (    non-Water) has 620 elements

还有一个问题，如果需要同时向溶液中加入10个不同类型阴阳离子，命令是怎样的

gmx genion -s CTAB.tpr -p CTAB_GMX.top -o CTAB-b4em.gro -pname K -np 10 -nname BR -nn 10          （同时加入10个K和10个BR，本问题解决了）

下一个问题，如何再同时加入其余的离子，比如我想同时加入K,BR,CA,MG等，这个该怎么办

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作者
Author: lao7 时间: 2020-10-26 12:22
请先告诉我第一行：-nname BR -nn 10 是啥？

作者
Author: 牧生 时间: 2020-10-26 14:17
本帖最后由牧生于 2020-10-26 14:18 编辑

lao7 发表于 2020-10-26 12:22
请先告诉我第一行：-nname BR -nn 10 是啥？

加入阴离子的BR，数量为10个

作者
Author: lao7 时间: 2020-10-27 13:20

牧生发表于 2020-10-26 14:17
加入阴离子的BR，数量为10个

先需要又对应的Br的pdb和itp力场文件。gmx insert-molecules -ci Br.pdb -f **.gro -nmol 10 -o 1111.gro；-f是要加入的体系，1111.gro是加入后生成的体系。添加后，需要在拓扑文件topology.top后面增加添加的离子即格式。注意增加的Br离子名字和itp文件里面名字对应。

作者
Author: lao7 时间: 2020-10-27 13:22
你那个-nname应该是-pname，命令错了

作者
Author: tzypla 时间: 2023-11-24 15:57
请问你的钾离子和溴离子是什么建的，还有怎么获得他们的itp文件的

作者
Author: 牧生 时间: 2023-11-24 16:12
本帖最后由牧生于 2023-11-24 16:13 编辑

tzypla 发表于 2023-11-24 15:57
请问你的钾离子和溴离子是什么建的，还有怎么获得他们的itp文件的

最简单的方法，用gv画一个相应的原子，存为pdb，即可用packmol加入盒子中。
离子的参数，直接复制这文章的支撑即可
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

作者
Author: tzypla 时间: 2023-11-24 17:30

牧生发表于 2023-11-24 16:12
最简单的方法，用gv画一个相应的原子，存为pdb，即可用packmol加入盒子中。
离子的参数，直接复制这文章 ...

感谢回复，我的体系想加入磷酸根，请问也用gv构建然后packmol加入体系，磷元素还需要在拟合它的itp参数吗？

作者
Author: Starrymoon 时间: 2025-2-18 16:24
我也是遇到这个问题，目前还没有解决，请问楼主解决了吗？

作者
Author: Ajl 时间: 2025-2-18 20:02

tzypla 发表于 2023-11-24 17:30
感谢回复，我的体系想加入磷酸根，请问也用gv构建然后packmol加入体系，磷元素还需要在拟合它的itp参数吗 ...

把磷酸根当成一个整体插入，可以在分子绘制软件里画一个，然后用计算resp电荷的工具（ORCA+Multiwfn，卢老师博文里有提到）优化结果并计算下电荷，利用sobtop生成拓补文件（itp文件），利用gromacs自带的gmx insert-molecules命令插入到盒子里取代相应的水（然后自己改下拓补文件里磷酸根的数目）

作者
Author: 牧生 时间: 2025-2-18 21:18

Starrymoon 发表于 2025-2-18 16:24
我也是遇到这个问题，目前还没有解决，请问楼主解决了吗？

第10楼回复。
packmol也极度极度好用的。

作者
Author: Starrymoon 时间: 2025-2-19 14:29

牧生发表于 2025-2-18 21:18
第10楼回复。
packmol也极度极度好用的。

好的，谢谢您，我去试试

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