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标题: 利用Gaussian计算静电势时间过长是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: 胡枝子 时间: 2020-10-25 20:09
标题: 利用Gaussian计算静电势时间过长是什么原因？
没有相关化学背景，最近做分子动力学需用到RESP拟合静电势电荷，刚接触Gaussian
小分子是乙酰辅酶A，跑了45步，计算过程中查看了看能量和受力变化曲线，是呈现整体降低的逐渐平坦的趋势，这样的过程是正常的吗？希望前辈指出错误，不胜感激！

以下是输入文件：
%lindaworkers=4
%mem=1GB
%chk=D:\chq\test3\ligand.chk
#p opt=tight hf/6-31g(d) nosymm scf=xqc pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)

lig

-4 1
C(PDBName=CAP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             20.23941518 52.36684215 16.15958141
C(PDBName=C,ResName=ACO,ResNum=231_A)             26.40313834 45.60194600 16.91839851
O(PDBName=O,ResName=ACO,ResNum=231_A)             26.48679024 45.70424803 15.66696028
O(PDBName=OAP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             19.92773869 52.25498990 17.55066737
C(PDBName=CBP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             20.21526995 50.96766913 15.51662456
C(PDBName=CDP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             20.55853015 51.08257987 14.01984705
C(PDBName=CEP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.25124266 50.06498340 16.21203001
C(PDBName=CH3,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.79679324 44.33418327 17.54815278
P(PDBName=P1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.05970398 49.86298402 16.08751032
P(PDBName=P2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             16.39387972 51.29011920 15.55656680
P(PDBName=P3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.86543333 47.78662636 19.10451878
S(PDBName=S1P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             26.98584503 46.92277379 17.95984024
C(PDBName=C2P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             26.80938142 48.47325519 17.10335131
C(PDBName=C3P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.32501782 48.70783594 16.76580302
N(PDBName=N4P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.18092234 49.98588636 16.05394167
C(PDBName=C5P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.97107238 51.11642318 16.73792938
O(PDBName=O5P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.89109805 51.08878621 17.99347385
C(PDBName=C6P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.82855074 52.45166783 15.98424553
C(PDBName=C7P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             23.90514504 53.39739297 16.77492045
N(PDBName=N8P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             22.57866762 52.78133292 16.92455481
C(PDBName=C9P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.63919370 52.98753574 15.99498734
O(PDBName=O9P,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.89937914 53.69049551 14.98428821
C(PDBName=C1B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.89953347 51.46982806 21.24850590
N(PDBName=N1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.44067056 55.98715586 18.67962480
O(PDBName=O1A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.28572108 50.80270208 15.20296115
C(PDBName=C2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.55567598 55.22613972 18.96537949
C(PDBName=C2B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.25217105 50.07192114 21.28685127
O(PDBName=O2A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.41409423 48.50398765 16.06205397
O(PDBName=O2B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.98092907 49.22210320 22.17668237
C(PDBName=C3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.52847199 49.59536266 19.91009663
N(PDBName=N3A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.51232499 54.04495495 19.65983993
O(PDBName=O3A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             15.66799342 49.74243837 15.51902476
O(PDBName=O3B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.23955507 48.21105471 19.69864716
C(PDBName=C4A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             12.33704990 53.59704261 20.08806745
C(PDBName=C4B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.02256174 49.95024597 19.92546268
O(PDBName=O4A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             15.60513890 52.23359915 14.68936080
O(PDBName=O4B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.98497938 51.35834735 20.25696867
C(PDBName=C5A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             11.10265823 54.33703159 19.83195682
C(PDBName=C5B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.72501135 49.67950796 18.58184381
O(PDBName=O5A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             16.40834027 51.80170663 16.97160057
O(PDBName=O5B,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.06401404 50.40882143 17.54477025
C(PDBName=C6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             11.19566446 55.63108872 19.06358639
N(PDBName=N6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.12000878 56.37478021 18.78166878
O(PDBName=O6A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             17.85330726 51.19694561 15.02388345
N(PDBName=N7A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.07718505 53.67161028 20.36618258
O(PDBName=O7A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.69207536 48.41026033 17.74604792
C(PDBName=C8A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.63872991 52.55581651 20.93675395
O(PDBName=O8A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.81434070 46.28797691 18.97868904
N(PDBName=N9A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             11.99079918 52.51971321 20.76555190
O(PDBName=O9A,ResName=ACO,ResNum=231_A)             9.76066987 48.25146383 20.01442620
C(PDBName=CCP,ResName=ACO,ResNum=231_A)             18.80999963 50.35751406 15.67617138
H(PDBName=H1,ResName=ACO,ResNum=231_A)             19.51524264 52.99222630 15.68047251
H(PDBName=H2,ResName=ACO,ResNum=231_A)             20.57753077 51.69372196 17.98015553
H(PDBName=H3,ResName=ACO,ResNum=231_A)             20.54057509 50.11003066 13.57403230
H(PDBName=H4,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.53431027 51.50755321 13.90950386
H(PDBName=H5,ResName=ACO,ResNum=231_A)             19.83940300 51.71000871 13.53614247
H(PDBName=H6,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.23355121 49.09254290 15.76592194
H(PDBName=H7,ResName=ACO,ResNum=231_A)             21.01335106 49.98464541 17.25212634
H(PDBName=H8,ResName=ACO,ResNum=231_A)             22.22675621 50.49051396 16.10113575
H(PDBName=H9,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.33087315 44.58569446 18.47795501
H(PDBName=H10,ResName=ACO,ResNum=231_A)             26.57115920 43.61595866 17.71993048
H(PDBName=H11,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.06705049 43.92001072 16.88408343
H(PDBName=H12,ResName=ACO,ResNum=231_A)             27.16316384 49.26778695 17.72664999
H(PDBName=H13,ResName=ACO,ResNum=231_A)             27.38109991 48.44766459 16.19926429
H(PDBName=H14,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.97047030 47.91202953 16.14459443
H(PDBName=H15,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.75362120 48.73611596 17.66997811
H(PDBName=H16,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.24016600 50.01057043 15.05594135
H(PDBName=H17,ResName=ACO,ResNum=231_A)             25.79232360 52.90380537 15.87646267
H(PDBName=H18,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.40858694 52.27102306 15.01678176
H(PDBName=H19,ResName=ACO,ResNum=231_A)             24.32441358 53.57948999 17.74235333
H(PDBName=H20,ResName=ACO,ResNum=231_A)             23.80973607 54.32331219 16.24706484
H(PDBName=H21,ResName=ACO,ResNum=231_A)             22.37884544 52.20932228 17.72009901
H(PDBName=H22,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.22157677 51.71766621 22.23836096
H(PDBName=H23,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.50759261 55.57768326 18.62588548
H(PDBName=H24,ResName=ACO,ResNum=231_A)             11.22788044 50.07938651 21.59615243
H(PDBName=H25,ResName=ACO,ResNum=231_A)             13.90608139 49.20907397 21.92083887
H(PDBName=H26,ResName=ACO,ResNum=231_A)             11.99250373 50.14791540 19.16693614
H(PDBName=H27,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.52735682 49.39173521 20.68576192
H(PDBName=H28,ResName=ACO,ResNum=231_A)             15.74636247 49.99257921 18.64389874
H(PDBName=H29,ResName=ACO,ResNum=231_A)             14.68564402 48.63297650 18.36247149
H(PDBName=H30,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.22206818 57.22771624 18.26969061
H(PDBName=H31,ResName=ACO,ResNum=231_A)             9.21391147 56.07783522 19.08290423
H(PDBName=H32,ResName=ACO,ResNum=231_A)             10.08091243 51.80367071 21.45439920
H(PDBName=H33,ResName=ACO,ResNum=231_A)             18.79025670 49.38336343 15.23403698
H(PDBName=H34,ResName=ACO,ResNum=231_A)             18.56973930 50.28169311 16.71615980

Lig_ini.gesp

Lig.gesp

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-25 20:16
这个大小的体系，结构优化45步不收敛是正常的。如果200步还不收敛，那可能需要担心一下。

作者
Author: 胡枝子 时间: 2020-10-25 20:34

wzkchem5 发表于 2020-10-25 20:16
这个大小的体系，结构优化45步不收敛是正常的。如果200步还不收敛，那可能需要担心一下。

机子不太行，我这45步已经跑了2天了……我之后会进行分子模拟，是不是可以尝试放松收敛标准 opt=loose/gddis什么的。。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-25 20:41

胡枝子发表于 2020-10-25 20:34
机子不太行，我这45步已经跑了2天了……我之后会进行分子模拟，是不是可以尝试放松收敛标准 opt=loose/gd ...

GDIIS总是可以加的，不会影响结果的可靠性，只会改变收敛速度，但并不总是让收敛速度变快。
opt=loose我猜问题不大，但你要确定你的构象已经定性正确了。
可以试试关掉scf=xqc，scf=xqc虽然几乎总是能让scf收敛，但常常很慢。另外一个可以尝试的就是停掉你现在的优化，从优化的最后一步结构开始重新跑优化，有时比你一次优化完更快。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-26 05:29
别赖到静电势计算上，静电势计算根本花不了什么时间，如果几何优化没收敛就用帮助收敛的关键词
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

你计算RESP电荷的方式我极力不推荐，又麻烦又差，该怎么合理计算，仔细认真看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

对于拟合RESP电荷的目的，loose收敛限已经够用，这也是为什么下文说的自动调用Gaussian和Multiwfn算RESP电荷的脚本里默认就用opt=loose关键词
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: 胡枝子 时间: 2020-10-29 15:58

sobereva 发表于 2020-10-26 05:29
别赖到静电势计算上，静电势计算根本花不了什么时间，如果几何优化没收敛就用帮助收敛的关键词
量子化学计 ...

谢谢sob老师！

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