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标题: 关于模拟金属盐水合物或者水溶液的好的方法？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-25 20:45
标题: 关于模拟金属盐水合物或者水溶液的好的方法？
想模拟聚合物在在金属盐水溶液中动态结构的变化，目前charmm等力场模拟金属盐水溶液不太好，请问一下有合适的力场推荐或者类似的文章推荐吗？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-25 20:48
以及这种水合物的搭建，虽然溶于水呈现离子的价态，但是和水合物的形式也存在一定的差异

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-26 05:32
说清楚具体是什么金属盐

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-26 08:19

sobereva 发表于 2020-10-26 05:32
说清楚具体是什么金属盐

氯化镁，氯化锌，氯化镁，氯化钾，醋酸钠，这样子的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-26 14:43

努力向上的boy 发表于 2020-10-26 08:19
氯化镁，氯化锌，氯化镁，氯化钾，醋酸钠，这样子的

Merz力场就很适合

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-26 20:27

sobereva 发表于 2020-10-26 14:43
Merz力场就很适合

1.冒昧的问一下老师，这个merz力场的全称是什么？可以在gromacs软件中使用吗？？
2.这种金属盐的水合物的模型怎么搭建，直接分别插入离子和水就可以了吗？我用genion加离子的时候不能加很多，用packmol的话，随机性会不会很大？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-27 07:21

努力向上的boy 发表于 2020-10-26 20:27
1.冒昧的问一下老师，这个merz力场的全称是什么？可以在gromacs软件中使用吗？？
2.这种金属盐的水合物 ...

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genion插不了的情况就用packmol，有随机性无所谓，这类体系MD模拟结果也不取决于初始结构（你可以考虑先把聚合物冻住，让盐溶液跑得比较平衡后再放开聚合物，由此观察聚合物在实际盐溶液中的动态非平衡行为，避免被一开始的行为被分布得不太理想的离子所扰乱）

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-27 14:01

sobereva 发表于 2020-10-27 07:21
genion插不了的情况就用packmol，有随机性无所谓，这类体系MD模拟结果也不取决于初始结构（你可以 ...

谢谢老师您了，这样的话merz力场可以和amber搭配使用，是不是也可以和gaff和glycam力场搭配使用？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-27 14:06

努力向上的boy 发表于 2020-10-27 14:01
谢谢老师您了，这样的话merz力场可以和amber搭配使用，是不是也可以和gaff和glycam力场搭配使用？

老师，我用merz力场，我在无机盐和水的溶剂中再加入一些其他的有机小分子，组成混合溶剂，这样是可以的嘛？

作者
Author: Graphite 时间: 2020-10-27 20:23
我就是做的MD模拟高浓度混合无机盐溶液。
水分子用TIP*P、SPC/E都行，看研究什么性质。
离子力场这个和浓度有关，低浓度其实都可以用，高浓度可以用Joung-Cheatham、Smith-Dang、Tosi-Fumi、AH/BK3等等。
盐溶液相互作用很强，浓度大点平衡起来还是比较麻烦的，有时候需要各种整活（放低密度、调截断、高温等）迫使体系翻过势垒混匀，社长说的先冻结聚合物是个好办法。
初始构型packmol就行了，如果想加物质又嫌再从头开始麻烦，可以用LAMMPS的GCMC。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-27 22:24

Graphite 发表于 2020-10-27 20:23
我就是做的MD模拟高浓度混合无机盐溶液。
水分子用TIP*P、SPC/E都行，看研究什么性质。
离子力场这个和浓 ...

谢谢您，我想请教一下
1.我主要研究无机盐和小分子物质作为混合溶剂，对我的高聚物的作用和分布情况
2.这个高浓度和低浓度盐，怎么区分，怎么算高浓度？
3.我想报所有的物质在最开始的时候都用packmol装到一起，这样可以吗？但是总是报错水的位置无处安放
请问您有类似的文献推荐吗？

作者
Author: Graphite 时间: 2020-10-27 23:35

努力向上的boy 发表于 2020-10-27 22:24
谢谢您，我想请教一下
1.我主要研究无机盐和小分子物质作为混合溶剂，对我的高聚物的作用和分布情况
2. ...

1、一般讲1 mol/L或50 g/L以下的是典型稀盐溶液，通用力场就可以，比如模拟海水。3 mol/L以上就得用专门的浓盐溶液力场了，比如研究饱和溶液的溶解平衡。
2、可以，放不进去可能是盒子密度太大了，建的时候先建密度小的（比如期望1.3密度，先建个0.8-1.0密度的盒子）。这样低密度NVT预平衡混匀也容易，之后再做NpT模拟使它压缩到期望密度。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-28 10:12

Graphite 发表于 2020-10-27 23:35
1、一般讲1 mol/L或50 g/L以下的是典型稀盐溶液，通用力场就可以，比如模拟海水。3 mol/L以上就得用专门 ...

1.您有类似地关于纯盐溶液作为溶剂或者和其他小分子作为共溶剂的文章推荐吗？
2.您这里说的密度是怎么计算的？是用盐的分子数除以盒子体积算的吗？如果盒子中存在其他的溶质或者分子怎么办？

作者
Author: Graphite 时间: 2020-10-28 11:54

努力向上的boy 发表于 2020-10-28 10:12
1.您有类似地关于纯盐溶液作为溶剂或者和其他小分子作为共溶剂的文章推荐吗？
2.您这里说的密度是怎么计 ...

1、关于聚合物在盐溶液里的我不了解，盐溶液模拟可以从Moucka和Mester的文章往下挖
2、按质量密度还是数量密度算都行。我的意思是体积先设的较大，比如要模拟x个水y个盐z个聚合物的体系，估算盒子大约要4nm，建的时候可以用packmol把这些东西放5nm盒子里，仅仅是为了使初始构型间隙够大。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-28 15:19

Graphite 发表于 2020-10-28 11:54
1、关于聚合物在盐溶液里的我不了解，盐溶液模拟可以从Moucka和Mester的文章往下挖
2、按质量密度还是数 ...

好的，谢谢您。请问您这个知道了水，知道了其他溶剂分子还有盐还有聚合物这个体系。您是根据所有的原子数目估计的盒子的大小吗？请问这种多种体系的如何估算密度和体积呢？

作者
Author: Graphite 时间: 2020-10-28 23:18
本帖最后由 Graphite 于 2020-10-28 23:24 编辑

努力向上的boy 发表于 2020-10-28 15:19
好的，谢谢您。请问您这个知道了水，知道了其他溶剂分子还有盐还有聚合物这个体系。您是根据所有的原子数 ...

这些东西互溶之后，一般来说体积都比各自体积的和小，所以算一下各物质在纯态的体积（例如55 mol水约1 L, 55个水分子就是1 L / 6.022E23），将它们加起来，再乘以一个大于1的数（比如1.5）就可以建一个比较宽松的初始盒子。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 13:06

努力向上的boy 发表于 2020-10-27 14:06
老师，我用merz力场，我在无机盐和水的溶剂中再加入一些其他的有机小分子，组成混合溶剂，这样是可以的嘛 ...

可以

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 13:07

努力向上的boy 发表于 2020-10-27 14:01
谢谢老师您了，这样的话merz力场可以和amber搭配使用，是不是也可以和gaff和glycam力场搭配使用？

应当可以

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-10-29 21:09

Graphite 发表于 2020-10-28 23:18
这些东西互溶之后，一般来说体积都比各自体积的和小，所以算一下各物质在纯态的体积（例如55 mol水约1 L, ...

谢谢您，我去试试。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-5-3 10:19

sobereva 发表于 2020-10-27 07:21
genion插不了的情况就用packmol，有随机性无所谓，这类体系MD模拟结果也不取决于初始结构（你可以 ...

卢老师，请问这个Merz力场参数也可以和GAFF力场直接混合使用是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 21:45

邱美佳发表于 2021-5-3 10:19
卢老师，请问这个Merz力场参数也可以和GAFF力场直接混合使用是吗？

可以

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