计算化学公社

标题: 求助：amber的addions2添加抗衡离子问题 [打印本页]

作者
Author: 冷血 时间: 2020-10-26 21:45
标题: 求助：amber的addions2添加抗衡离子问题
请问各位老师：目前已经用packmol制作好磷酸缓冲溶液，计算得需要添加193个K+，在2号群里咨询sob老师，于是用tleap添加193个抗衡离子（K+），但是发现最终tleap生成的pdb中共添加了256个K+，这是什么原因呢？

作者
Author: 冷血 时间: 2020-10-26 23:26
使用addionsrand COM k+ 0结果依旧无效，生成的pdb发现多加了30个K+，这是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-27 07:34
没具体体系信息不好说
你统计一下自动加完K+后整个体系净电荷是多少
并且addions（不是addions2）的时候仔细看屏幕上的相关提示

作者
Author: 冷血 时间: 2020-10-27 10:03

sobereva 发表于 2020-10-27 07:34
没具体体系信息不好说
你统计一下自动加完K+后整个体系净电荷是多少
并且addions（不是addions2）的时候 ...

谢谢sob老师的回复，补充一下我的体系信息，我packmol做的磷酸缓冲液的溶剂盒子，里面有H2PO4-也有HPO42-离子，通过分子量计算得需要添加193个K离子，然后用tleap的addions添加193个离子是，saveamberparams时提示：The unperturbed charge of the unit (6.992401) is not zero。但是我charge ionicbox时刚好是0，所以我还需要减少K+吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 13:19

冷血发表于 2020-10-27 10:03
谢谢sob老师的回复，补充一下我的体系信息，我packmol做的磷酸缓冲液的溶剂盒子，里面有H2PO4-也有HPO42- ...

感觉是你估算的要加的K+的量有问题
而且检查实际到底加了多少个

作者
Author: 冷血 时间: 2020-10-29 18:57

sobereva 发表于 2020-10-29 13:19
感觉是你估算的要加的K+的量有问题
而且检查实际到底加了多少个

谢谢sob老师的回答，该问题已经解决啦，不过又遇到新的问题了，就是用MMPBSA.py时出现这样一个错误：CalcError: /home/lab/amber18/bin/cpptraj failed with prmtop com.prmtop! Exiting. All files have been retained。其中我的com.prmtop是由ante-MMPBSA.py得到的,具体命令为：ante-MMPBSA.py -p com_sol.prmtop --radii mbondi2 -s ":1887-52267" -c com.prmtop -n ":1886" -l lig.prmtop -r rec.prmtop。
后来，我把开始有溶剂的轨迹(com_sol.mdcrd)中的溶剂去掉为(com.mdcrd),然后用MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp com.top -rp rec.top -lp lig.top -y com.crd，却可以正常计算。这是为啥呢？

作者
Author: 冷血 时间: 2020-10-30 16:13

冷血发表于 2020-10-29 18:57
谢谢sob老师的回答，该问题已经解决啦，不过又遇到新的问题了，就是用MMPBSA.py时出现这样一个错误：Calc ...

问题已经解决啦，mmpbsa.in强调即可。

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Author: chenxianzhao 时间: 2021-1-24 16:15

冷血发表于 2020-10-30 16:13
问题已经解决啦，mmpbsa.in强调即可。

你好，我用MMPBSA.py时遇到了和你一样的报错，请问是怎么通过mmpbsa.in解决的，感谢

作者
Author: 冷血 时间: 2021-1-25 09:24

chenxianzhao 发表于 2021-1-24 16:15
你好，我用MMPBSA.py时遇到了和你一样的报错，请问是怎么通过mmpbsa.in解决的，感谢

mmpbsa.in也需要设置好lignad_mask和strip_mask(你不考虑的部分比如溶剂啊等等)。

作者
Author: ShineZhu 时间: 2022-5-27 10:51
您好，可以请教下加抗衡离子的问题吗，为什么我i输入以下命令会报错呀

> addIons N559 Na+ 40

Error: addIons: Argument #1 is type String must be of type: [unit]

addIons unit ion1 #ion1 [ion2 #ion2]
   UNIT                   _unit_
   UNIT                   _ion1_
   NUMBER                   _#ion1_
   UNIT                   _ion2_
   NUMBER                   _#ion2_
Adds counterions in a shell around _unit_ using a Coulombic potential
on a grid. If _#ion1_ is 0, the _unit_ is neutralized (_ion1_ must be
opposite in charge to _unit_, and _ion2_ cannot be specified). Otherwise,
the specified numbers of _ion1_ [_ion2_] are added [in alternating order].
If solvent is present, it is ignored in the charge and steric calculations,
and if an ion has a steric conflict with a solvent molecule, the ion is
moved to the center of said molecule, and the latter is deleted. (To
avoid this behavior, either solvate _after_ addIons, or use addIons2.)
Ions must be monoatomic. Note that the one-at-a-time procedure is not
guaranteed to globally minimize the electrostatic energy. When neutralizing
regular-backbone nucleic acids, the first cations will generally be added
between phosphates, leaving the final two ions to be placed somewhere around
the middle of the molecule.
The default grid resolution is 1 Angstrom, extending from an inner radius
of (max ion size + max solute atom size) to an outer radius 4 Angstroms
beyond. A distance-dependent dielectric is used for speed.

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