计算化学公社

标题: 研究DBP与SO42-▪反应机理的计算量大吗？ [打印本页]

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Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 10:21
标题: 研究DBP与SO42-▪反应机理的计算量大吗？
本人非化学专业，只是跨专业做一点，这个反应机理难做吗？计算量和对计算机要求高不？被老师问的不知道怎么回答，计算量是老师说的多少Gb，多少Tb的数据量来描述的吗？很郁闷我没有看到这些词 PS：用B3LYP/6-311++(d,p)基组水平上研究 FeGAC(颗粒活性炭负载氧化铁)对PS（S2O82-）催化活性位点，各反应途径能垒的反应机理不知这个机理的研究能做不？？

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-10-31 10:33
B3LYP/6-311++(d,p)基组计算量还是很大的

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 10:33
又比如要研究DBP（邻苯二甲酸二丁酯）+SO42-▪（硫酸自由基）的反应机理用B3LYP/6-311++(d,p)基组水平上对反应物、中间体、过渡态、产物几何构型全优化，振动分析验证过渡态、产物，IRC确认相关性；建立所有反应途径，计算各途径能垒，确定合理途径和最可给途径，阐明反应机理。
这个机理的数据处理量又有多大，什么配置的计算机能满足要求？（还是说只是计算快慢的问题？）买个电脑被老板问的不知怎么回答（其实他也不懂还非要问的无厘头），求助啊！！

作者
Author: helpme 时间: 2015-10-31 10:43
本帖最后由 helpme 于 2015-10-31 10:46 编辑

通常瓶颈在于计算时间，然后是内存。计算量和体系，以及所取模型的大小有关。
比如在某个催化剂上算A+B，那么A和B，以及这个催化剂取多大，以及想要的计算精度（计算方法和基组），决定了计算量。

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 10:46

anmin0127 发表于 2015-10-31 10:33
B3LYP/6-311++(d,p)基组计算量还是很大的

计算量怎么描述？，老板问我计算量有多少容量（Gb、Tb）的数据？多少组输入文件？，当时我就蒙了

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 10:48

helpme 发表于 2015-10-31 10:43
通常瓶颈在于计算时间，然后是内存。计算量和体系，以及所取模型的大小有关。
比如在某个催化剂上算A+B， ...

如果要3-5天，甚至10天左右能算出来，配置要求高吗？

作者
Author: helpme 时间: 2015-10-31 11:11
只算A+B不算基底催化剂的话，我猜一般配置是可以的。
但是反应的计算不是说输入对就一定能出结果的，有时还要试。这个时间就不好预测了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-31 12:49
一般四核PC机可以做，但完全没必要用B3LYP/6-311++(d,p)
优化反应物、中间体、过渡态、振动分析、IRC，用B3LYP/6-31G*就够了（SO42-那部分带负电荷，用大点的6-31+G*），这样省时得多得多。算能垒涉及的单点能再用好点的基组，比如6-311+G(2d,p)。给氢加弥散函数没意义。

当然，机子越好，耗时越低。

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 15:07

helpme 发表于 2015-10-31 10:43
通常瓶颈在于计算时间，然后是内存。计算量和体系，以及所取模型的大小有关。
比如在某个催化剂上算A+B， ...

请问你有关于 “在某个催化剂上算A+B” 的反应机理的文献吗？？急需了解下，求帮忙

作者
Author: helpme 时间: 2015-10-31 19:19
我的一些工作做的是团簇上的反应机理的。供参考。
http://yunpan.cn/QaMbGznV6K8jY 访问密码 f4f6

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-10-31 19:54

helpme 发表于 2015-10-31 19:19
我的一些工作做的是团簇上的反应机理的。供参考。
http://yunpan.cn/QaMbGznV6K8jY 访问密码 f4f6

谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-1 11:25
整个课题是否为S2O8(2-)催化产生SO4(2-·)然后再与DBP发生氧化还原？目测是降解过程吧？

过程可能涉及到多步氧化还原的电荷转移，也许简单搜索过渡态不解决问题（或许能垒不是构型重排而是电荷转移）。

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-11-1 15:41

卡开发发发表于 2015-11-1 11:25
整个课题是否为S2O8(2-)催化产生SO4(2-·)然后再与DBP发生氧化还原？目测是降解过程吧？

过程可能涉及到 ...

是这样的催化降解，而且是自己合成的活性炭负载氧化铁FeGAC 催化材料；电荷转移的能垒计算方法是是什么？计算量大吗？对非化学专业难度大吧？、？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-1 16:04

非柳暗花明发表于 2015-11-1 15:41
是这样的催化降解，而且是自己合成的活性炭负载氧化铁FeGAC 催化材料；电荷转移的能垒计算方法是是什么 ...

难度还是有一些的，我们隔壁组也有人做这个的实验的，计算后来还是停留在催化剂电子结构计算来解释反应机理。

可以参考这个帖子，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7%BA%C9%D7%AA%D2%C6，也许会有些帮助。

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2015-11-2 12:39

卡开发发发表于 2015-11-1 16:04
难度还是有一些的，我们隔壁组也有人做这个的实验的，计算后来还是停留在催化剂电子结构计算来解释反应机 ...

请问用Gaussian计算研究反应机理发表学术论文（硕士中文核心），需要购买高斯程序的版权吗？？ SCI应该需要我想知道中文核心需要不？？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-2 12:50

非柳暗花明发表于 2015-11-2 12:39
请问用Gaussian计算研究反应机理发表学术论文（硕士中文核心），需要购买高斯程序的版权吗？？ SCI应该 ...

原则上是要的，不过在一些糟糕的期刊上见过有不写使用什么程序算的，抛开这些不说，一些基本的使用还是能够找到程序来代替Gaussian的，只是不见得比Gaussian+Gview方便而已。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-26 18:19

非柳暗花明发表于 2015-11-2 12:39
请问用Gaussian计算研究反应机理发表学术论文（硕士中文核心），需要购买高斯程序的版权吗？？ SCI应该 ...

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