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标题: 求助：MS转data文件警告以及lammps运行报错 [打印本页]

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-27 16:35
标题: 求助：MS转data文件警告以及lammps运行报错
各位老师好，我想请教一下关于将MS导出模型用msi2lmp小程序转data文件时出现的警告以及运行报错的问题
1.将ms中的模型在cvff力场导出为car文件和mdf文件，用msi2lmp程序转data文件时出现这样的警告
WARNING inconsistent # of connects on atom %d type c
请问这种这种警告会影响后面的计算吗？如果会产生影响,用什么方法进行修改？
2.运行时报错为ERROR on proc 36: Bond atoms 281 303 missing on proc 36 at step 1822728 (../ntopo_bond_all.cpp:63)
我查看手册中的错误信息是这样的
Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld
The second atom needed to compute a particular bond is missing on this processor. Typically this is because the pairwise cutoff is set too short or the bond has blown apart and an atom is too far away.
修改了很多次截断半径，要么依然报这样的错，要么报错为Neighbor list overflow,boost neigh_modify one.
请问出现这样的错误应该怎样修改呢？与上面转data时的警告有关吗？

请各位老师指教！

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-27 18:30
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数，可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如报错里提到的atom 281 303

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-27 19:53

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 18:30
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数，可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如报 ...

我的in文件里面只有读取data文件的命令，没有键角的详细信息
但是在data文件中可以找到atom 281 303 的键的信息

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-27 20:24

cdcdcd 发表于 2020-10-27 19:53
我的in文件里面只有读取data文件的命令，没有键角的详细信息
但是在data文件中可以找到atom 281 303 的 ...

bond_style也设置了么？

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-27 20:34

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 20:24
bond_style也设置了么？

设置了
pair_style lj/cut 12.5
atom_style  full
bond_style  harmonic
angle_style  harmonic
dihedral_style  harmonic
improper_style  cvff
boundary       p p p
read_data    CO2-130.data
pair_coeff * * 100.0 3.0
timestep       0.005

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-27 20:38

cdcdcd 发表于 2020-10-27 20:34
设置了
pair_style lj/cut 12.5
atom_style full

确认一下data文件中bond_coeff是否齐全，timestep单位如果是fs可能有些太大了，设为1-2fs比较合适。再查看一下报错的部分原子是不是距离太远了

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-28 11:32

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 20:38
确认一下data文件中bond_coeff是否齐全，timestep单位如果是fs可能有些太大了，设为1-2fs比较合适。再查 ...

老师，您好，data文件中包含了bond_coeff信息，我修改了timestep的数值，改为0.001了，前面弛豫的部分可以正常算出来了，但后面计算的部分报错了
报错为
dump          21 2 custom 100000 dump.atom id type x y z vx vy
variable       msd11 atom c_18[1]
variable       msd12 atom c_18[2]
variable       msd13 atom c_18[3]
variable       msd14 atom c_18[4]
dump          22 2 custom 100000 dump.msd.atom id v_msd11 v_msd12 v_msd13 v_msd14
dump          23 2 xyz 100000 dump.XYZ.xyz
run             10000000000
ERROR: Invalid run command N value (../run.cpp:112)
Last command: run             10000000000
是运行的时间步长设置的不合理，我去lammps官网查的错误信息是这样的
Invalid run command N value
The number of timesteps must fit in a 32-bit integer. If you want to run for more steps than this, perform multiple shorter runs.
如果想将run命令的步长拆分计算，应该要怎样设置命令呢？谢谢老师指教

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-28 14:13

cdcdcd 发表于 2020-10-28 11:32
老师，您好，data文件中包含了bond_coeff信息，我修改了timestep的数值，改为0.001了，前面弛豫的部分可 ...

你这个时间都10微秒了，太长了吧？先看看是否有必要跑这么久吧。run的N value应该是不能超过2147483647，所以可以分别设为多个run 每个的值小于上限就好啦。你可以先跑200ps让体系驰豫一下，然后把timestep改成0.002试试能不能成功，如果可以，steps就可以减少一倍了。然后设5个run，每个1000000000即可。
例如:
timestep 0.002
run 1000000000

timestep 0.002
run 1000000000
...

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-30 09:15

Lacrimosa 发表于 2020-10-28 14:13
你这个时间都10微秒了，太长了吧？先看看是否有必要跑这么久吧。run的N value应该是不能超过2147483647， ...

老师，我的in文件是这样的
units lj
pair_style lj/cut 15
atom_style  full
bond_style  harmonic
angle_style  harmonic
dihedral_style  harmonic
improper_style  cvff
boundary       p p p
read_data    h2-1500.data
pair_coeff * * 100.0 3.0
timestep       0.001
group    1 type 1
group    2 type 2
neighbor 1 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
minimize       1.0e-12 1.0e-12 50000 50000
velocity       all create 298 872877 dist gaussian
fix 11 all npt temp 298 298 0.1 iso 15 15 1 drag 0.2
thermo       1000
thermo_style custom step temp pe ke etotal vol press
run          1000000
unfix          11

fix          12 all nvt temp 298 298 0.5 drag 0.2
compute       13 all pe/atom
compute       14 all ke/atom
compute       15 all coord/atom cutoff 15
compute       16 all temp
compute       17 all pressure 16
compute       18 2 msd
compute       19 2 rdf 100 cutoff 15
fix          20 2 ave/time 100000 1 100000 c_19[1] c_19[2] c_19[3] file dump.rdf.h2.rdf mode vector

dump          21 2 custom 100000 dump.atom id type x y z vx vy
variable       msd11 atom c_18[1]
variable       msd12 atom c_18[2]
variable       msd13 atom c_18[3]
variable       msd14 atom c_18[4]
dump          22 2 custom 100000 dump.msd.atom id v_msd11 v_msd12 v_msd13 v_msd14
dump          23 2 xyz 100000 dump.XYZ.xyz
run             10000000
一共需要模拟10ns，您说的单位我不是很理解，我这里的步长0.001，它指的是0.001fs,还是1fs呀？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-10-30 14:56

cdcdcd 发表于 2020-10-30 09:15
老师，我的in文件是这样的
units lj
pair_style lj/cut 15

你用的单位是lj，应该不适合你的力场，你最好查看一下力场参数的单位，然后再看看lammps手册里units那一部分，确定好单位制后就知道timestep的单位了，
举个例子，如果
units real
timestep 1 ；这里timestep的单位是fs，所以1就是1fs
run 10000000 ；这里可知总时长=10000000*1fs=10ns

如果untis是metal
units metal
timestep 0.01 ；这里单位是ps，0.01ps即为1fs
run 10000000 ;总时长=10000000*0.01ps=10ns

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-11-10 15:18
老师，该怎么去查看力场参数的单位呢？
我这个使用的力场是lj/cut。手册里面的介绍是这样的
ϵ  (energy units)
σ  (distance units)
LJ cutoff (distance units)
然后查看了units部分，不知道选哪一种是合适的，lj单位是这样的
mass = mass or m
distance =σ , where x* = x / σ
time = tau, where t* = t (ϵ  / m / σ ^2)^1/2
energy = ϵ, where E* = E /ϵ
velocity = σ /tau, where v* = v tau /σ
temperature = reduced LJ temperature, where T* = T Kb / ϵ
pressure = reduced LJ pressure, where P* = P σ^3 / ϵ
想请问这里的单位和力场的单位是合适的吗？
*号在这里表示什么意思？
下降的LJ温度，下降的LJ压力如何理解？
谢谢老师指点。

作者
Author: 悟小空 时间: 2021-1-12 21:21
请问你解决了吗，我是用pcff算环氧树脂，跟你出现类似的问题

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-3-15 10:01
我也遇到了这个问题，想问下你这解决了吗？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-15 13:07

cdcdcd 发表于 2020-11-10 15:18
老师，该怎么去查看力场参数的单位呢？
我这个使用的力场是lj/cut。手册里面的介绍是这样的
ϵ (en ...

lj是约化单位, 你如果是用msi2lmp生成的力场参数应该看看msi2lmp中有没有提供相关的信息

作者
Author: ohlalaoh 时间: 2022-4-27 19:51
大哥我也遇到第一个问题你咋解决的有影响吗

作者
Author: Maska 时间: 2022-8-17 18:10
本帖最后由 Maska 于 2022-8-17 18:20 编辑

Hello dear
I got the same warning too. Have you finally solved this problem? If yes, could you please guide me? I have gotten the same warning when trying to get the C-S-H data file by applying the clayff potential in Materials Studio.
Best regards;
Maska

作者
Author: supreme 时间: 2022-11-4 23:51

爱模拟的bao 发表于 2021-3-15 10:01
我也遇到了这个问题，想问下你这解决了吗？

你解决了吗

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-1-5 22:42

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 18:30
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数，可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如报 ...

如果不存在的话怎么办啊

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-5 15:47
请问你这个是怎么解决的，我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 68 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 107 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 146 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 186 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 225 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 265 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 304 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 343 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 383 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 422 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 462 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 501 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 540 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 580 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 619 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 659 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 698 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 737 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 777 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 816 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 856 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 895 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 934 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 974 type o
WARNING inconsistent # of connects on atom 1013 type o

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-6 09:08

456321789 发表于 2023-7-5 15:47
请问你这个是怎么解决的，我也遇见这个问题了。
WARNING inconsistent # of connects on atom 28 type o
...

用AuToFF代替msi2lmp

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-6 20:20

slxc920113 发表于 2023-7-6 09:08
用AuToFF代替msi2lmp

这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-7 11:08

456321789 发表于 2023-7-6 20:20
这个软件是不是不能做那种三维的盒子啊？

可以，在晶体模块上传cif

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-7 15:44

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以，在晶体模块上传cif

谢谢大神，我明白了。
还有一个问题，我是用聚合物建模模块建立的聚酰亚胺单链，可以保存为cif格式，然后再用晶体模块建立多条聚合物的三维盒子吗？
我上传之后打不开文件，不知道接下来要怎么弄了。

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-7 15:47
就是这样的，autoff不显示模型。我打算做个三维的。

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-7 16:32

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:08
可以，在晶体模块上传cif

提示说没有选中的cif文件

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-7 16:33

456321789 发表于 2023-7-7 15:47
就是这样的，autoff不显示模型。我打算做个三维的。

可能是原子数超了，或者就是cif书写不规范，导致无法识别（用VESTA打开cif保存为vasp格式即可）

作者
Author: 456321789 时间: 2023-7-7 17:54

slxc920113 发表于 2023-7-7 16:33
可能是原子数超了，或者就是cif书写不规范，导致无法识别（用VESTA打开cif保存为vasp格式即可）

好的好的我试一下感谢

作者
Author: MengXH7 时间: 2023-10-21 09:32

ohlalaoh 发表于 2022-4-27 19:51
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

您好，请问这个问题您解决了吗？

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