计算化学公社

标题: 求助：amber做rmsf用什么脚本呀？ [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-10-27 20:10
标题: 求助：amber做rmsf用什么脚本呀？
蛋白跑完MD，想用amber 的cpptraj做个RMSF，请问有老师可以分享一下脚本吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-28 09:01
手册里cpptraj搜rmsf都有现成的例子

作者
Author: hyr95 时间: 2020-10-28 09:18

sobereva 发表于 2020-10-28 09:01
手册里cpptraj搜rmsf都有现成的例子

找了，但是感觉不太对呀，为什么我算的rmsf的值几百呢，请问正常值应该是多少呢？

作者
Author: TMULYU 时间: 2024-4-15 11:27

hyr95 发表于 2020-10-28 09:18
找了，但是感觉不太对呀，为什么我算的rmsf的值几百呢，请问正常值应该是多少呢？

确实是这样请问结局了吗

作者
Author: TMULYU 时间: 2024-4-15 14:17
我知道啥原因了，amber自带的那个算rmsf的，不会自动叠合结构，导致算的数都异常，你把轨迹下载下来，用vmd叠合后，用相关脚本分析就正常了，亲测有效

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)