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标题: 请教什么叫蛋白质的dipole direction [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2020-10-27 21:11
标题: 请教什么叫蛋白质的dipole direction
本帖最后由 azero 于 2020-10-27 21:14 编辑

有一篇论文研究不同材料对蛋白质的作用
里面写到蛋白质的dipole direction，请教什么叫dipole direction，该如何理解？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-27 21:20
就是电偶极矩的方向，偶极矩是个矢量，有大小和方向。它这里看上去是显示方向，不管大小。

作者
Author: azero 时间: 2020-10-27 21:51

zjxitcc 发表于 2020-10-27 21:20
就是电偶极矩的方向，偶极矩是个矢量，有大小和方向。它这里看上去是显示方向，不管大小。

查了一下，但并不是完全理解。
说偶极矩方向是从正电中心指向负电中心，那就是说蛋白质的某端整体为正电，而另一端整体为负电么？
此外，请教一下怎么判断方向，比如说用什么软件，gromacs还是别的？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-28 09:10

azero 发表于 2020-10-27 21:51
查了一下，但并不是完全理解。
说偶极矩方向是从正电中心指向负电中心，那就是说蛋白质的某端整体为正电 ...

不同程序、不同作者对偶极矩的方向定义往往不同。诸如Gaussian里是从负电中心指向正电中心

把蛋白质的原子坐标和原子电荷写成chg文件，载入Multiwfn，刚载入的时候屏幕上直接提示偶极矩矢量

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chg文件格式很简单，一行一个原子，之后是以埃为单位的XYZ坐标，最后一列是原子电荷，例如
  O -2.353946 1.907988 0.055067 -0.365984
  O -3.465531 -0.477301 0.381788 -0.363785
  N    4.346653 0.153190 0.308757 -0.706697
  C    2.112990 -0.100736 -0.685637 -0.170740
  C    0.631348 -0.228412 -0.435687 -0.025870

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