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标题: VMD在观察运行轨迹时，如何去掉些不该出现的线条（已经解决） [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2020-10-27 21:59
标题: VMD在观察运行轨迹时，如何去掉些不该出现的线条（已经解决）
本帖最后由牧生于 2021-5-10 16:44 编辑

做了SDS在水中的运动情况，然后VMD观察轨迹，隐藏了水

但是有很多不该出现的线条，请教如何去掉

这个是运行之前的图
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运行轨迹观察，有不该出现的线条
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隐藏水以后，还是有这样的线条，请教如何去掉。
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作者
Author: Kangtor 时间: 2020-10-27 22:19
那是因为水分子（或SDS）的一部分穿过了边界，而VMD仍然显示水分子的一部分和另一部分仍然成键导致的。
只是显示的问题，可以在Drawing Method里面设置动态键选项

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-28 08:59
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-11-10 08:47

sobereva 发表于 2020-10-28 08:59

卢老师，请问VMD在观察载入的轨迹的时候，蛋白体系的平动能消掉吗？
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋转实在是太麻烦了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-11 00:40

知黑守白发表于 2020-11-10 08:47
卢老师，请问VMD在观察载入的轨迹的时候，蛋白体系的平动能消掉吗？
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋 ...

点了Align就消了

(, 下载次数 Times of downloads: 91)

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-11-14 09:33

sobereva 发表于 2020-11-11 00:40
点了Align就消了

谢谢卢老师！！！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-8 08:19

sobereva 发表于 2020-10-28 08:59

近日遇到这样的问题，使用如下命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr-pbc whole或者这个命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr -pbc mol

但是得到的结果中，都仍然有少量的线条显示，请教一下大佬，如何解决啊

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作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 03:57

牧生发表于 2021-5-8 08:19
近日遇到这样的问题，使用如下命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr-pbc whole或者这个命 ...

按我3L的ppt里的做法，重新让VMD判断成键

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-10 16:45
打开新的xtc以后，载入gro文件时，要选择最近一次的gro，就没有少量的线条了。
如果选择能量最小化以后得到的gro，可能仍有线条

作者
Author: ddddnight 时间: 2021-5-28 22:50

sobereva 发表于 2020-10-28 08:59

老师，这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示，怎么显示啊，还是说ps 上去的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-29 00:18

ddddnight 发表于 2021-5-28 22:50
老师，这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示，怎么显示啊，还是说ps 上去的

本来默认就显示

作者
Author: ddddnight 时间: 2021-5-29 10:19

sobereva 发表于 2021-5-29 00:18
本来默认就显示

看到了，老师。背景是白色的，那个字也是白色的，所以开始没看到

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