计算化学公社

标题: 请教VASP做完MD之后可以分析径向分布函数吗 [打印本页]

作者
Author: 运气加持 时间: 2020-10-28 09:20
标题: 请教VASP做完MD之后可以分析径向分布函数吗
请教大家VASP做完MD之后想分析两种原子之间的距离，这样是需要做径向分布函数的吧？我不太清楚可以用哪个输出文件放到哪个软件里面来做，谢谢。

作者
Author: 九月九 时间: 2020-10-28 09:55
本帖最后由九月九于 2020-10-28 09:58 编辑

下载安装vaspkit，将vasp得到的轨迹文件XDATCAR转成pdb文件，用vmd打开，可以统计2个原子之间距离分布
vmd统计原子距离步骤：首先，在VMD窗口活动的情况下在小键盘上点击测定键长的快捷键“2”，然后依次点击你需要确定距离的两个原子；
然后，在VMD主菜单中的Graphics下选中labels，此时会弹出labels对话框；
接着，默认显示为“Atoms”的下拉菜单改成“Bonds”，此时，被测定的两个原子的信息会显示在显示框内，如“SER 387:CB SER387:OG”，说明我想测定387位丝氨酸的其中两个C和O之间的距离；
最后，点击对话框中的“Graph”，可以看见“Graph”和“Save”两种选择：点击前者会显示距离图，点击后者会出现保存距离信息的提示。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-28 15:08
把轨迹弄到VMD里后如图操作。这和径向分布函数完全是两码事

(, 下载次数 Times of downloads: 58)
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

倘若就是要分析径向分布函数，用VMD的extensions - analysis - radial pair distribution function g(r)工具

作者
Author: 运气加持 时间: 2020-10-28 15:09

九月九发表于 2020-10-28 09:55
下载安装vaspkit，将vasp得到的轨迹文件XDATCAR转成pdb文件，用vmd打开，可以统计2个原子之间距离分布
vmd ...

谢谢这么详细的回复，但是还遇到的问题是XDATCAR直接放到一个文件夹里面运行vaspkit吗？（功能5-504）这样出来的是neb_initial.pdb是一个空文件，这样的操作是哪里有问题吗？

作者
Author: 运气加持 时间: 2020-10-28 15:29

sobereva 发表于 2020-10-28 15:08
把轨迹弄到VMD里后如图操作。这和径向分布函数完全是两码事

老师，我想做的就是MD已经跑了10000步，我想统计一下这10000步里面两类原子之间的距离分布（有多少个距离在一个小区间里面，最后出一张图），这是要作径向分布函数吧？

作者
Author: 九月九 时间: 2020-10-28 16:03
本帖最后由九月九于 2020-10-28 17:07 编辑

运气加持发表于 2020-10-28 15:09
谢谢这么详细的回复，但是还遇到的问题是XDATCAR直接放到一个文件夹里面运行vaspkit吗？（功能5-504）这 ...

你去下载一个最新的vaspkit装上https://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/ 用405功能，会得到XDATCAR.pdb文件

作者
Author: 运气加持 时间: 2020-10-28 16:33

九月九发表于 2020-10-28 16:03
你去下载一个最新的vaspkit装上https://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/ 用405功能，会得到ZDA ...

感谢感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 12:57

运气加持发表于 2020-10-28 15:29
老师，我想做的就是MD已经跑了10000步，我想统计一下这10000步里面两类原子之间的距离分布（有多少个距离 ...

感觉你完全不理解什么叫径向分布函数，先google一下定义再说
你说的那叫距离分布。VMD里自己写个小脚本就能得到，不会写的话用此帖里现成的http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html

作者
Author: 运气加持 时间: 2020-10-29 18:18

sobereva 发表于 2020-10-29 12:57
感觉你完全不理解什么叫径向分布函数，先google一下定义再说
你说的那叫距离分布。VMD里自己写个小脚本 ...

谢谢老师，我再学习一下

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