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标题: 吸附模型过渡态搜索的振动方向总是不对 [打印本页]

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 13:01
标题: 吸附模型过渡态搜索的振动方向总是不对
本帖最后由石头圭于 2020-10-28 17:03 编辑

用Dmol3对69原子吸附模型做过渡态搜索，得到的TS 有一个振动频率，但振动方向总是不对，这时候需要怎么调整，做了一个TS Conformation 但是24核算了五六天也没算完，不知道问题出在哪了

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Author: wzkchem5 时间: 2020-10-28 16:43
你期望优化得到的是什么反应的TS？实际振动方式是什么样的？如果不方便给出整个体系的结构的话，起码说一下反应的类型，比如断键，原子攫取，异构化等。
另外，TS的虚频有多大？

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 17:09

wzkchem5 发表于 2020-10-28 16:43
你期望优化得到的是什么反应的TS？实际振动方式是什么样的？如果不方便给出整个体系的结构的话，起码说一下 ...

您好，反应大概类似于CH4→CH3+H的这种断键反应，图片已经附于上面，这类反应可以一步从我的这个反应物到产物么，我看文献的话一般这个过程就是一个过渡态就完成，但是我这个好像还有中间体
我自己看来这步反应涉及C-H键断裂，H和表面成键 CH3和表面成键，是不是一步比较难完成

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-28 17:23
表面这么平，你怕不是固定了表面的原子吧

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 17:24

喵星大佬发表于 2020-10-28 17:23
表面这么平，你怕不是固定了表面的原子吧

我固定了下两层原子，上两层没有固定

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Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 17:41
@卡开发发冒昧@一下卡开发发老师

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Author: 卡开发发 时间: 2020-10-28 18:08

石头圭发表于 2020-10-28 17:41
@卡开发发冒昧@一下卡开发发老师

如果你的过渡态振动模式对，过渡态优化过程力也能满足收敛的标准，有可能这个结构确实对应着某一个反应的过渡态，但可能不见得对应于你预期的反应路径的过渡态。不排除反应路径猜错的可能性，TS confirm可以看看，但这个过程确实很慢。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 21:37

卡开发发发表于 2020-10-28 18:08
如果你的过渡态振动模式对，过渡态优化过程力也能满足收敛的标准，有可能这个结构确实对应着某一个反应的 ...

谢谢老师，那么请问我在计算TS Confirm过程中计算精度可以略微调低一点么

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-10-28 22:37

石头圭发表于 2020-10-28 21:37
谢谢老师，那么请问我在计算TS Confirm过程中计算精度可以略微调低一点么

不能。优化结构、找过渡态、频率计算、过渡态确认应该在用一个精度下做。另外表面可能是偏小了。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-10-28 22:49

卡开发发发表于 2020-10-28 22:37
不能。优化结构、找过渡态、频率计算、过渡态确认应该在用一个精度下做。另外表面可能是偏小了。

表面是a=9*b=10.4的可能是有点小已经算了很多内容了，可能来不及放大了。。

作者
Author: hopedream 时间: 2020-12-19 22:29

卡开发发发表于 2020-10-28 22:37
不能。优化结构、找过渡态、频率计算、过渡态确认应该在用一个精度下做。另外表面可能是偏小了。

大神，请问为啥必须在一个精度上做啊？TS confirm是不是确认反应路线是不是正确的啊。好几个关键词，什么TS opt, TS search, TS confirm，不知道使用啥顺序

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Author: 卡开发发 时间: 2020-12-20 08:55

hopedream 发表于 2020-12-19 22:29
大神，请问为啥必须在一个精度上做啊？TS confirm是不是确认反应路线是不是正确的啊。好几个关键词，什么 ...

精度不同理论给出来的势能面都不一样。TS confirm主要是确定你的反应路径是否还有其他的中间体。

按照常规：
1、TS search主要是用于不确定过渡态的状况来初猜一个过渡态结构
2、TS opt则是对初猜的过渡态计算频率后进行精修
3、TS confirm却是建立在TS search后的LST/QST的轨迹与TS opt无关
这就很糟糕，因为TS search不见得给出来的LST/QST轨迹包含真正的过渡态。我认为有可能合理一些的方式应该是：
1、猜得到过渡态大致结构直接摆结构算频率后TS opt，猜不到的时候再考虑TS search后进行频率计算再TS opt
2、构造反应物到过渡态和过渡态到产物的轨迹后进行合并重新做TS search的LST/QST得到轨迹
3、对LST/QST轨迹做TS confirm

作者
Author: hopedream 时间: 2020-12-21 09:28

卡开发发发表于 2020-12-20 08:55
精度不同理论给出来的势能面都不一样。TS confirm主要是确定你的反应路径是否还有其他的中间体。

按照 ...

非常感谢！！

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