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标题: gamess的eda能量分解失败 [打印本页]

作者
Author: xijinyang 时间: 2015-11-2 15:09
标题: gamess的eda能量分解失败
老师好，我在用gamess做eda的能量分解，基于b3lyp/6-311++G**，体系41个原子，因为体系较大，我是在超算的hugemem上做计算，内存有256GB，采用单节点16核并行（sockets并行方式。实际上hugemem机器有20核，我只用了16核，因为sockets并行好像上限是16个）。本来以为是足够了，可还是报错了。以下是我的输入参数：
$contrl scftyp=rhf runtyp=eda dfttyp=b3lyp coord=PRINAXIS icharg=-1 mult=1
  nosym=1 ispher=1 $end
$guess  guess=Huckel $end
$system mwords=1000 memddi=8000 $end
$basis gbasis=N311 ngauss=6 npfunc=1 ndfunc=1 diffsp=.t. diffs=.t. $end
$lmoeda matom(1)=3,38 mcharg(1)=-1,0 mmult(1)=1,1 supbas=.true. $end
$data
scn-eda
C1
S 16.0             8.70568300 16.32682200 6.24519900
N 7.0             6.56457800 14.51240300 6.68352900
C 6.0             7.45736300 15.25941100 6.50567800
Cl  17.0             11.77992900 19.98115600 7.22841100
Cl  17.0             3.92773300 11.07773000 7.40154500
O 8.0             8.14856900 12.11322000 9.56107400
O 8.0             11.33466900 15.68799800 9.44492700
O 8.0             7.92739100 18.70089400 9.85163500
O 8.0             4.73681800 15.13130700 9.89223200
N 7.0             4.39076400 13.19773100 8.81435900
N 7.0             6.17905400 11.65257100 8.58987500
N 7.0             6.47739100 13.64642800 9.84242000
N 7.0             11.51953400 17.69421600 8.45615400
N 7.0             9.74374800 19.25455500 8.66631800
N 7.0             9.62327300 17.16591500 9.78203500
C 6.0             5.23314100 13.95608500 9.51478600
C 6.0             4.93798000 12.07272300 8.38498600
C 6.0             6.89334600 12.49795900 9.33685500
C 6.0             9.00106600 12.99674400 10.23677600
C 6.0             9.16797500 12.85396400 11.60438300
H 1.0             8.59022900 12.11154400 12.14711700
C 6.0             10.06198100 13.69987700 12.25666300
H 1.0             10.18748800 13.61971400 13.33129100
C 6.0             10.78909600 14.65415600 11.54777300
H 1.0             11.48450800 15.32207700 12.04757800
C 6.0             10.58366300 14.75509200 10.18172300
C 6.0             9.69393000 13.94274900 9.49463900
H 1.0             9.50940100 14.08245300 8.43360200
C 6.0             10.79386400 16.88375000 9.23419300
C 6.0             10.93031700 18.85925900 8.23756100
C 6.0             9.13579700 18.34486300 9.43387700
C 6.0             7.16570400 17.76393500 10.56815500
C 6.0             7.17366600 17.81253400 11.95160100
H 1.0             7.81498100 18.52012800 12.46854800
C 6.0             6.36660900 16.91624900 12.64858800
H 1.0             6.37914800 16.91515100 13.73297500
C 6.0             5.55262300 16.01235000 11.97070300
H 1.0             4.91813300 15.31078300 12.50350600
C 6.0             5.58391800 16.00577000 10.58588200
C 6.0             6.38736800 16.86681700 9.85305300
H 1.0             6.44106000 16.80576300 8.77059100
$end

其实用的内存只有 8*（1000*16+8000）/1024=187.5Gb。输出的错误是在：
MONOMER  2 WITH ALL BASI
。。。。
      ---------------------------------------
      EDMISTON-RUEDENBERG ENERGY LOCALIZATION
      ---------------------------------------
      C.EDMISTON AND K.RUEDENBERG, REV.MOD.PHYS. 35, 457-465 (1963)

   --------------------------------------------
   PARTIAL TWO ELECTRON INTEGRAL TRANSFORMATION
   --------------------------------------------

NUMBER OF CORE MOLECULAR ORBITALS    = 0
NUMBER OF OCCUPIED MOLECULAR ORBITALS =  112
TOTAL NUMBER OF MOLECULAR ORBITALS =  804
TOTAL NUMBER OF ATOMIC ORBITALS    =  839
THRESHOLD FOR KEEPING TRANSFORMED 2E- INTEGRALS = 1.000E-09

-------------------------------    ------------------------------
DISTRIBUTED DATA TRANSFORMATION    PROGRAM WRITTEN BY G. FLETCHER
-------------------------------    ------------------------------

THE DISTRIBUTED MEMORY REQUIRED FOR THIS STEP IS MEMDDI=  2270 MWORDS
CREATING DISTRIBUTED STORAGE FOR [OCC OCC|OCC OCC] INTEGRALS
DDI: Creating Array [0] - 6328 x 6328 = 40043584 words.
CREATING WORKSPACE OF SIZE VVOO
DDI: Creating Array [1] - 352380 x 6328 = 2229860640 words.

DDI: trouble creating distributed array!
Current number of data servers is 1
so each data server's slice of array [1] is 2229860640 words

Add more processors so required total array size 2229860640 words
divided by no. of processors (data servers) is less than 2 Gwords= 2147483643
For example, 2 or more data servers...

我明明是用了16个core，可还是提示我data servers 是1个。是不是我在MWORDS和MEMDDI设置上有问题？输出文件太大了，所以无法上传完整的。
另外我想问下firefly是不是不能做LMOEDA分解的？
谢谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-2 17:17
gamess里核心分两种，一种是compute process，一种作为data server。后者用于支撑前者的计算，每个最多只能存2Gwords。而当前只有一个data server，而任务对内存需求量又稍微超过了2Gwords，所以让你增加data server，才能分担开。

MPI方式并行能在rungms里设定data server数，但是socket方式怎么设我也不清楚。可以试试在单节点上，当成两个node方式运行，每个8核，看看行不行。实在不行就MPI。
更好的做法是先试试把氢的弥散去掉看看是否能跑，这会降低内存需求量。氢的弥散没什么意义，尤其是super basis-set的情况是否带弥散影响不大。

firefly不支持，LMOEDA只有GAMESS-US支持。

作者
Author: xijinyang 时间: 2015-11-3 08:30

sobereva 发表于 2015-11-2 17:17
gamess里核心分两种，一种是compute process，一种作为data server。后者用于支撑前者的计算，每个最多只能 ...

谢谢老师！
如果是用mpi并行的话，是不是直接在脚本里运行
rungms $INP $VER $N $PPN > input.log 譬如我想在2台节点，每台有20个核的机器上运行，N=40，PPN=20？这个PPN就是对应的data server？
再次感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-3 09:22

xijinyang 发表于 2015-11-3 08:30
谢谢老师！
如果是用mpi并行的话，是不是直接在脚本里运行
rungms $INP $VER $N $PPN > input.log 譬如 ...

MPI并行方式的GAMESS我没用过，你可以看看rungms里的注释，里面搜data server就能找到要改的地方。

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