计算化学公社

标题: 求助关于尿嘧啶与氟化锂和水来做分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: AlexJax 时间: 2020-10-29 10:43
标题: 求助关于尿嘧啶与氟化锂和水来做分子动力学模拟
各位老师前辈好，我是分子动力学这方面的新手，最近在做关于尿嘧啶与氟化锂与水的量化计算，老板为了让我将构型找的更全面一些，推荐我做分子动力学模拟，然后自己也学了一些有关gromacs方面相关的知识，但是昨晚跑分子动力学的时候老是报错，请问是分子力场找的不对吗，还请各位老师前辈指教！（相关的pdb、top文件我放在下面的压缩包里了） (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 12:16
没必要做分子动力学

直接用genmer+molclus做构型搜索又方便又可靠。
molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
实例：
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

或者用xtb跑动力学结合molclus也行，不用在力场方面费心。下文做的是构象搜索，做构型搜索也是完全相同的步骤。
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

作者
Author: AlexJax 时间: 2020-10-29 19:50
感谢社长的回复，那老师，我想问一下，如果要做大分子核酸与氟化锂与水溶液的分子动力学模拟，需要采用哪个分子力场

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 13:20

AlexJax 发表于 2020-10-29 19:50
感谢社长的回复，那老师，我想问一下，如果要做大分子核酸与氟化锂与水溶液的分子动力学模拟，需要采用哪个 ...

在GROMACS下用AMBER或CHARMM力场就可以

作者
Author: AlexJax 时间: 2020-11-1 17:14
感谢社长的解答，我现在已经开始先用xtb结合molclus结合来进行构型的搜索了

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