计算化学公社

标题: 请问各位老师利用VMD如何加入水盒子 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-2 15:34
标题: 请问各位老师利用VMD如何加入水盒子
在VMD里面我看见extension里面有modelling，add solvation box，可是加完之后分子并无什么变化，所以这个功能是怎么用的？如何利用VMD加入水盒子？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-11-2 17:36
用solvate 命令，比如 solvate XXXX.psf XXXXX.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o XXXX+solv

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-2 18:45

ruanyang 发表于 2015-11-2 17:36
用solvate 命令，比如 solvate XXXX.psf XXXXX.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o XXXX+solv

这是用的tk console控制台做的吗？min和max代表什么意思啊，是不是min指的是分子的长宽高，max表示盒长的长宽高。这个图里的boundary代表什么意思？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-11-2 22:18
具体的可以看看VMD 手册，手册上面很详细。min,max指的是x或y或z的最大最小值。solvate 命令可以重点看一下

作者
Author: 978142355 时间: 2015-11-2 23:09

ruanyang 发表于 2015-11-2 22:18
具体的可以看看VMD 手册，手册上面很详细。min,max指的是x或y或z的最大最小值。solvate 命令可以重点看一下

OK,谢谢提醒，我竟然把手册给忘了。。。。。谢谢你提示的命令。

作者
Author: jackie 时间: 2017-7-5 16:28

ruanyang 发表于 2015-11-2 17:36
用solvate 命令，比如 solvate XXXX.psf XXXXX.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o XXXX+solv

但是我用water.tcl脚本生成psf文件后，根据你提示的命令，却有如下错误提示：
(VMD) 1 % solvate AAQAA-helix.psf AAQAA-helix.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o AAQAA_water

Info) generating solute plus one replica of water...
psfgen) reading structure from psf file AAQAA-helix.psf
psfgen) error reading atoms

MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over.

需加水的分子文件和tcl脚本文件已上传~

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