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标题: 求助含自由基结构的拓扑文件和力场的生成 [打印本页]

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-10-31 00:10
标题: 求助含自由基结构的拓扑文件和力场的生成
请教大家，我用acpype工具构建氢自由基、甲基自由基、乙基自由基等拓扑文件时，一直报错，但甲烷、乙烷等结构没有问题。可能是因为GAFF力场中没有自由基结构中的原子类型。
如果是这样，那么该怎样产生这类结构的拓扑文件和力场呢？
感谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-31 09:06
acpype搞不了
考虑用VMD的topoltools产生自由基的裸的拓扑信息，然后自行填进去相应的原子类型（可以参考acpype给的甲烷、乙烷的拓扑文件里的原子类型）、原子电荷（可以用Multiwfn算RESP电荷）等信息。
但是注意自由基情况下很多力场参数都不能沿用相应饱和体系的，比如甲基自由基是平的而不是像甲烷中的CH3部分是锥形的，所以有些必要的力场参数需要自己搞。

作者
Author: 高朋满座 时间: 2020-10-31 15:28

sobereva 发表于 2020-10-31 09:06
acpype搞不了
考虑用VMD的topoltools产生自由基的裸的拓扑信息，然后自行填进去相应的原子类型（可以参考a ...

谢谢老师的建议，那么是不是在结构发生明显形变的时候需要重新寻找力场参数，如果不发生明显形变，例如CH3-带负电的结构，还是锥形的，就不需要重新做力场参数？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-31 17:55

高朋满座发表于 2020-10-31 15:28
谢谢老师的建议，那么是不是在结构发生明显形变的时候需要重新寻找力场参数，如果不发生明显形变，例如CH ...

对

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