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标题: 低共熔溶剂黏度模拟时间如何选择 [打印本页]

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Author: 二饼妹 时间: 2020-10-31 20:44
标题: 低共熔溶剂黏度模拟时间如何选择
使用gromacs进行氯化胆碱+尿素的黏度模拟，力场是参考一篇文献中改进的OPLS力场，使用packmol构建5*5*5的盒子放入300：600的氯化胆碱：尿素。已经进行了最小化em和平衡相eq(10ns，参考文献中的时间)，想问一下prod.mdp文件设置多长时间合适呢，实验黏度是514.8cp，跑过很多不同的时间，发现时间越长误差越大，比如1ns~20ns的时候黏度甚至上千；跑500~900ps时黏度稍微接近一点，但是每个时间跑几次跑出来差别也较大，如800ps时误差分别为3%，19%，25%等，请问这样的情况是正常的么，如何判断跑多长时间后体系已经达到平衡并且跑出来的数据是对的，具有参考价值的呢？附件是跑黏度的mdp文件，想问一下那些地方需要修改？氯化胆碱和尿素的分子结构如下图。多谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs

原理上把Z方向盒子设得越大、统计越长时间、cos-acceleration设得越小，越能得到合理的结果。另外，不要用GROMACS 2018早期版本，周期扰动法的结果是错的。
跑几次差别较大属于统计精度太差，哪次的都没法用。

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-1 22:16

sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

谢谢老师，这个mdp文件是一篇文献中采用的，这是它提供的跑密度的mdp，我在它的基础上加了cos-acceleration，因为他跑的密度、黏度误差都很小就直接拿来用了，但是发现我跑出来的会出现上述情况。也用过下面这个mdp文件但是跑出来结果不合理并且跑几次差别也很大，请教一下老师是哪里出了问题呢？
define =
integrator = md
dt       = 0.001
nsteps    = 2000000
comm-grps  = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 200
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 0.8
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 0.8
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 303.15
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 303.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-2 13:13

二饼妹发表于 2020-11-1 22:16
谢谢老师，这个mdp文件是一篇文献中采用的，这是它提供的跑密度的mdp，我在它的基础上加了cos-accelerati ...

按我前面说的，尝试更稳的模拟设置，注意版本问题。
另外，原则上用周期扰动法应该用NPT平衡后的NVT的动力学

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-2 21:26

sobereva 发表于 2020-11-2 13:13
按我前面说的，尝试更稳的模拟设置，注意版本问题。
另外，原则上用周期扰动法应该用NPT平衡后的NVT的动 ...

谢谢老师，我想问一下怎么用周期扰动法呀？（论坛里没有找到）您的意思是先npt平衡之后再进行nvt模拟粘度么？但是我查找之前您在群里的解答说模拟粘度要在NPT下做

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 14:17
你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候，直接用NPT就行了，没必要刻意切换到NVT。但鉴于你当前情况结果比较诡异，我也不知道你的实际模拟情况如何，所以让你尝试更稳妥的NVT

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-5 09:43

sobereva 发表于 2020-11-4 14:17
你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候，直接用NPT就行了， ...

好的老师，那请问下面的步骤正确么？
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300：600的氯化胆碱+尿素，然后最小化。
2、进行NPT（10ns)，使用berendsen压浴，v-rescale热浴，并做退火处理。
3、NVT(10ns)。
另外想问下老师盒子里填的粒子数并非越多越好吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-5 22:04

二饼妹发表于 2020-11-5 09:43
好的老师，那请问下面的步骤正确么？
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300：600的氯化胆碱+尿素，然后最 ...

没问题

原则上分子数越多统计误差越小

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-13 10:32

sobereva 发表于 2020-11-5 22:04
没问题

原则上分子数越多统计误差越小

老师，我按照7楼的步骤又跑了几遍，nvt那一步已经跑了50ns了，发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非常大，是哪里出问题了呢，该怎么调整啊？延长时间？（这篇文献里密度跑了50ns，跑黏度的话是不是应该更长时间？）

求老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-13 10:47

二饼妹发表于 2020-11-13 10:32
老师，我按照7楼的步骤又跑了几遍，nvt那一步已经跑了50ns了，发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非 ...

你怀疑的话可以跑更长

作者
Author: libo371324 时间: 2020-12-8 19:40

sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

2018.4算是早期版本吗

作者
Author: libo371324 时间: 2020-12-8 20:01

libo371324 发表于 2020-12-8 19:40
2018.4算是早期版本吗

写错啦，抱歉

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