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标题: 求助G09计算极化率，结果是否可用 [打印本页]

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Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 11:28
标题: 求助G09计算极化率，结果是否可用
本帖最后由 GumihO93 于 2020-11-1 17:44 编辑

请问老师，使用G09计算含CHON、50个原子的分子的极化率，提交服务器后下载了.out输出文件，放在Muitiwfn中也能正常输出极化率、超极化率。但在输出文件后发现有如下报错：
End of Minotr F.D. properties file 721 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file 722 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file 788 does not exist.
搜索论坛相关帖子后发现错误可能是硬盘空间不足导致的，因此求教老师：
1.报错后解析出的极化率是否可用
2.对同一个分子进行振动分析也产生同样错误，但任务无法输出结果，此类问题是否应该联系服务器管理员解决。

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-1 11:35
这不是报错信息，只要计算最后正常结束了就没有问题

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 11:38

biogon 发表于 2020-11-1 11:35
这不是报错信息，只要计算最后正常结束了就没有问题

嗯，谢谢您。请问进行振动分析，输出文件也反复出现这个错误，并且计算无法进行，这种问题是硬盘空间不足导致的吗

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-1 11:45

GumihO93 发表于 2020-11-1 11:38
嗯，谢谢您。请问进行振动分析，输出文件也反复出现这个错误，并且计算无法进行，这种问题是硬盘空间不足 ...

贴报错信息

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-1 11:56
你贴的那三行不是报错信息，且m4polar.out是正常结束的文件，没什么问题。一码归一码，贴出你其他文件所谓的“报错信息”，说不清就上传输出文件，大家一看便知。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-1 12:07

GumihO93 发表于 2020-11-1 11:38
嗯，谢谢您。请问进行振动分析，输出文件也反复出现这个错误，并且计算无法进行，这种问题是硬盘空间不足 ...

可能只是恰好也打印了这行字，但是报错是另外的原因导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 12:23
根本都没报错，末尾都Normal termination了。别管那三行提示，跟你没关系

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 16:13

zjxitcc 发表于 2020-11-1 11:56
你贴的那三行不是报错信息，且m4polar.out是正常结束的文件，没什么问题。一码归一码，贴出你其他文件所谓 ...

报错信息是这样的:

End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 788 does not exist.
输入的结构是优化后的，然后输出算了两个小时以后发现.rwf和.chk文件大小就不变了。.rwf大小在500M左右，24h以后也一样，然后任务还在运行。查看.log文件发现里面大量出现上面几行，新手感觉不太对就删掉文件和任务了。实际上我也不知道上面算不算报错信息，只是看振动分析和算极化率都出现了有点疑惑。
附件是.log和输入文件

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 16:16

biogon 发表于 2020-11-1 11:45
贴报错信息

End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 788 does not exist.
这几行在.log中大量出现，任务运行2h后服务器里一些文件大小就没变过了，直到24h。我也不知道上面算不算报错信息，只是在论坛搜索了感觉可能跟硬盘空间有关。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-1 16:30

GumihO93 发表于 2020-11-1 16:16
End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 ...

这个大小的体系，内存和硬盘一般没有问题。
会不会是消耗资源太多被排队系统kill掉了？有时候kill不干净，会造成程序还在跑的假象

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 17:27

GumihO93 发表于 2020-11-1 16:16
End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 ...

前面我已经明确说了，这根本就不是报错

当前任务根本没算完，如果进程还在运行着就继续等着。

拿cc-pVDZ这种档次基组做非谐振计算根本没意义，而且wB97XD等meta-杂化泛函做非谐振计算本来也不咋地，看J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2115。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 17:29

GumihO93 发表于 2020-11-1 16:13
报错信息是这样的:

End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.

甭管临时文件大小怎么变，跟你一点关系都没有，只需要关注输出文件信息的变化和Gaussian是否还在算着

很多初学者老是去关心文件大小变不变，这种逻辑真是莫名其妙

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 17:37

sobereva 发表于 2020-11-1 17:27
前面我已经明确说了，这根本就不是报错

当前任务根本没算完，如果进程还在运行着就继续等着。

谢谢老师解答，我再参考您的讲义修改一下泛函和基组

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 17:41

sobereva 发表于 2020-11-1 17:29
甭管临时文件大小怎么变，跟你一点关系都没有，只需要关注输出文件信息的变化和Gaussian是否还在算着

...

好的，我再仔细研究一下

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-1 17:42

wzkchem5 发表于 2020-11-1 16:30
这个大小的体系，内存和硬盘一般没有问题。
会不会是消耗资源太多被排队系统kill掉了？有时候kill不干净 ...

谢谢老师，我修改输入文件后再看一下结果。

作者
Author: biogon 时间: 2020-11-1 22:18

GumihO93 发表于 2020-11-1 16:16
End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 ...

不都说了吗，这不是报错信息

作者
Author: GumihO93 时间: 2020-11-2 11:19

biogon 发表于 2020-11-1 22:18
不都说了吗，这不是报错信息

嗯，感谢

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