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标题: gromacs可以模拟金属锌吗？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-11-1 14:09
标题: gromacs可以模拟金属锌吗？
请问gromacs可以模拟金属锌吗？我找不到gromacs模拟金属锌的范德华参数，只找到金，银，铜，镍，钯，铂这些~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 14:18
google搜，只要是gromacs能支持的对势形式的参数就可以用，没有就没戏了。这不是GROMACS能不能的问题，是有没有现成力场的问题。

作者
Author: 紫丹渡津 时间: 2020-11-3 12:46
Amber力场里这些多价金属离子的力场都有，还有好几个优化的版本。

凭印象：
1价离子：JCTC, 2015, 11, 1645
2价离子：JCTC, 2013, 9, 2733
3价离子：JPCB, 2015, 119, 883

也有oplsaa的金属离子力场，但是是赝原子组合的形式：
The Journal of Physical Chemistry B 2014, 118, 4351–4362

建议使用Amber力场的，比较全。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-3 22:20

紫丹渡津发表于 2020-11-3 12:46
Amber力场里这些多价金属离子的力场都有，还有好几个优化的版本。

凭印象：

楼主应该问的是零价锌

作者
Author: xliu97 时间: 2025-11-25 06:16
请问楼主有金属锌相关的力场参数吗？

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2026-1-1 07:55

xliu97 发表于 2025-11-25 06:16
请问楼主有金属锌相关的力场参数吗？

用autoff可以得到金属锌的top文件

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