计算化学公社

标题: wb97xd中，关于w的一些问题？ [打印本页]

作者
Author: ccccn345 时间: 2015-11-3 12:30
标题: wb97xd中，关于w的一些问题？
老师，你好

我现在在尝试使用wb97xd来优化激发态分子，在gview里面，当选择泛函wb97xd后，会有fitting set，老板告诉我这个一般不用设置，我也就没有动过。但是后来发现在关于wb97xd的paper （Jeng-Da Chai and Martin Head-Gordon，2008）中有提到w，但不是非常理解w的具体含义是什么？

另外，文章中有关于w的优化设置，我不知道需不需要设置w的值，或者fitting set来优化计算？如果需要，应该怎么设置呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-3 12:41
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-3 16:00 编辑

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作者
Author: brothers 时间: 2015-11-3 14:17
本帖最后由 brothers 于 2015-11-3 14:28 编辑

没用过，但是看过方程，估计你看看方程也能猜出来。
下面是胡言乱语，因为不是做这个的，说错了还请见谅~

w是定义近程与远程范围的变量，w越大，远程所覆盖的范围也就越大，也就是采用高HF成分的范围越宽。
fitting set，估计是指的原作者在泛函优化过程中所选取的实验数据吧？不同set所获得的最终泛函的参数是有些不一样的。不可能需要自己重新优化一遍的吧~~

楼上给出的介绍是关于D（dispersion）部分的参数，跟长程校正的w是无关的。至于S6,SR6参数的含义，我没看文献，也不是特别清楚。但是damping function，应该就是对色散作用（-6次方）和排斥作用（-12次方）的参数，看看L-J势的数学形式即能作此推测。

坐等专家的详细解读~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-3 17:10
fitting set和w完全没关系。

fitting set是指用什么密度拟合基组，用密度拟合基组可以省一些时间，但会带来精度的牺牲。高斯中密度拟合基组只能对纯泛函用，带来的加速效果不明显。虽然你用杂化泛函时也可以设密度拟合基组，但是实际计算中是忽略的，设了也没用。所以你不用管fitting set的设置。

w就是3L所解释的。

作者
Author: brothers 时间: 2015-11-3 18:44

sobereva 发表于 2015-11-3 17:10
fitting set和w完全没关系。

fitting set是指用什么密度拟合基组，用密度拟合基组可以省一些时间，但会 ...

学习了，抽空看看这方面的介绍和文献~

作者
Author: ccccn345 时间: 2015-11-4 14:10

brothers 发表于 2015-11-3 14:17
没用过，但是看过方程，估计你看看方程也能猜出来。
下面是胡言乱语，因为不是做这个的，说错了还请见谅~
...

谢谢，paper中也提到w是控制interelectronic distance的，以此来区分远近程中HF的成分比例

作者
Author: ccccn345 时间: 2015-11-4 14:16

sobereva 发表于 2015-11-3 17:10
fitting set和w完全没关系。

fitting set是指用什么密度拟合基组，用密度拟合基组可以省一些时间，但会 ...

谢谢，我看原paper中提到，w的优化是self-consistent的过程，但是我在outputfile中没有找到w参数converge的过程，不知道在哪里能看到？或者w的初始值需要自己用keyword设置什么吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-4 16:08

ccccn345 发表于 2015-11-4 14:16
谢谢，我看原paper中提到，w的优化是self-consistent的过程，但是我在outputfile中没有找到w参数converge ...

自己计算的时候不用管w，这是提出泛函过程中开发者事先拟合好的，找到的最理想的一个值。你直接用wB97XD就完了。

作者
Author: ccccn345 时间: 2015-11-5 12:58

sobereva 发表于 2015-11-4 16:08
自己计算的时候不用管w，这是提出泛函过程中开发者事先拟合好的，找到的最理想的一个值。你直接用wB97XD ...

谢谢

作者
Author: qianbao 时间: 2018-5-30 15:08
楼主您好，我想请教一下，想在高斯用wB97XD泛函优化，是可以在命令行直接输入就ok吗，不用先对wB87XD求值计算吗？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-5-30 16:47

qianbao 发表于 2018-5-30 15:08
楼主您好，我想请教一下，想在高斯用wB97XD泛函优化，是可以在命令行直接输入就ok吗，不用先对wB87XD求值计 ...

这种范围分离泛函，都是有默认的w的数值的。直接用就可以，你可以在输出文件找到默认的w值是多少。
估计你指的求值，是只针对某一体系，如何得到最优的w的值。这里所谓的最优，根据判断标准的不同，也有所不同。这就是经常听到的优化w的方法。具体实现见：
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346

作者
Author: qianbao 时间: 2018-5-30 19:52

让你变成回忆发表于 2018-5-30 16:47
这种范围分离泛函，都是有默认的w的数值的。直接用就可以，你可以在输出文件找到默认的w值是多少。
估计 ...

谢谢您！首先，我是想用此泛函像这篇文章这样优化，看是否可以得到同样的数据，所以我是可以在服务器中直接使用这个泛函和基组吗？（DOI: 10.1021/acs.chemmater.6b02930）
其次，我还想问一下对于sob老师的这个博文中http://sobereva.com/346，这一处，我如果想计算的话，是需要这个界面体系编辑这个命令的，这样理解对吗？
使用optDFTw程序前首先要编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板，存到当前目录下template.gjf中，比如
%mem=60GB
%nproc=16
# LC-wPBE/6-311+G**

test

0 1
C                0.00000000 0.00000000 -0.52710800
H                0.00000000 0.93885600 -1.11413900
H                0.00000000 -0.93885600 -1.11413900
O                0.00000000 0.00000000 0.67386600

最后，非常感谢您！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-5-30 20:25
本帖最后由让你变成回忆于 2018-5-30 20:28 编辑

qianbao 发表于 2018-5-30 19:52
谢谢您！首先，我是想用此泛函像这篇文章这样优化，看是否可以得到同样的数据，所以我是可以在服务器中直 ...

（1）Bredas他们这篇CM的文章应该是直接用的wB97XD泛函，没有进行w的调控（至于行不行，有你问的时间，你都可以试出来究竟行不行了）。他们的很多文章都有调控过程，比如你在他们的文章中看到了sob的博文中提到的公式，通常就是在调控，根据J或者J^2，通常称为IP调控或者gap调控；
（2）我一般是在Linux下进行计算，所以不清楚你指的这个界面体系是啥意思。不过原理应该是一样的，即你需要准备一个template.gjf文件，这个文件中的分子结构部分就是你要进行计算的体系（通常是在一定的级别下优化好了的）。关键词就是一个单点任务的关键词（当然，如果你要在PCM下优化w，相应地加上PCM的关键词即可），因为所谓的调控过程就是不停地计算N、N+1、N-1电子体系单点能。

作者
Author: qianbao 时间: 2018-5-31 09:07

让你变成回忆发表于 2018-5-30 20:25
（1）Bredas他们这篇CM的文章应该是直接用的wB97XD泛函，没有进行w的调控（至于行不行，有你问的时间，你 ...

非常感谢您的耐心回答！
首先，我已经通入到Linux下的服务器内，只是由于最初输入ω不识别导致出错，现已更换成w

；
其次，我是想根据这篇文章学习计算相互作用能的，而此前想先学会优化w；
最后，我的专业术语太匮乏，我自己说的界面体系其实就是文章中的PBDTTPD-C60;再次感谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-31 17:40

qianbao 发表于 2018-5-31 09:07
非常感谢您的耐心回答！
首先，我已经通入到Linux下的服务器内，只是由于最初输入ω不识别导致出错，现 ...

计算相互作用能根本用不着优化w，就用wB97XD默认的就完了，调控w根本不是为了更好计算相互作用能的目的。计算弱相互作用的常识仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

作者
Author: qianbao 时间: 2018-6-5 21:10

sobereva 发表于 2018-5-31 17:40
计算相互作用能根本用不着优化w，就用wB97XD默认的就完了，调控w根本不是为了更好计算相互作用能的目的 ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2018-6-6 15:29
一般不用调，但是看你需要，比如这篇文章，为了控制TDDFT计算的结果具有较好的渐进行为，还是现调，然后使用调过的参数计算

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