计算化学公社

标题: 伞形采样时，能否给分子加位置限制 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2020-11-1 20:45
标题: 伞形采样时，能否给分子加位置限制
请教一下：我用gromacs伞形采样计算两个感兴趣的分子的PMF，2个分子之间是排斥的，我根据质心距离选择出一系列采样窗口，伞形采样开始后，发现在任何窗口下采样，分子都不做弹簧振动，而是在很大范围内做平动转动，明显偏离了初始位置（下图）（弹簧力已经使用，力常数=10,1000,5000,1000000都试过了，没有效果）。网上查到：假如分子不能做弹簧振动，会影响PMF结果。请问如何改umbrella.mdp的参数，能让分子做弹簧振动？我能否给2个分子都加上位置限制？（目前是1个分子加了位置限制）
用的参数如下，我发现用这套参数计算另外两个分子（2个分子是吸引的），分子可以做弹簧振动
title    = Umbrella  simulation
define    = -DPOSRES_B
; Run parameters
integrator  = md
dt       = 0.002
tinit    = 0
nsteps    = 5000000 ; 10 ns
nstcomm    = 10
; Output parameters
nstxout    = 50000    ; every 100 ps
nstvout    = 50000
nstfout    = 5000
nstxtcout = 5000    ; every 10 ps
nstenergy = 5000
; Bond parameters
constraint_algorithm = lincs
constraints          = all-bonds
continuation          = yes
; Single-range cutoff scheme
nstlist    = 5
ns_type    = grid
rlist    = 1.4
rcoulomb = 1.4
rvdw       = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype    = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx    = 0
fourier_ny    = 0
fourier_nz    = 0
pme_order    = 4
ewald_rtol    = 1e-5
optimize_fft = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl    = Nose-Hoover
tc_grps    = Other Water_and_ions
tau_t    = 0.5    0.5
ref_t    = 298.15    298.15
; Pressure coupling is on
Pcoupl       = Parrinello-Rahman
pcoupltype    = isotropic
tau_p          = 1.0
compressibility = 4.5e-5
ref_p          = 1.0
refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel    = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc    = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr = EnerPres
; Pull code
pull                   = yes
pull_ngroups          = 2
pull_ncoords          = 1
pull_group1_name       = MOL
pull_group2_name       = SUB
pull_coord1_type       = umbrella    ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry = distance    ; simple distance increase
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_dim       = Y N N
pull_coord1_rate       = 0.0
pull_coord1_k          = 1000       ; kJ mol^-1 nm^-2，10,1000,5000,1000000都试过了，没有效果
pull-coord1-start             = yes          ; define initial COM distance > 0

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作者
Author: yuanen 时间: 2022-3-21 21:10
个人观点，既然是排斥那证明在你设置的pull牵引方向上本身就有大于0的力，建议将两个分子初始位置远离做靠近牵引。这样牵引力可以抵消分子间斥力。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-22 01:52
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-3-24 00:20 编辑

你设置的质心距离约束只对X生效，所以可以约束住相互吸引的分子，而无法约束住相互排斥的分子（YZ方向不受约束可以远离）。
如果只研究PMF随质心距离的变化，应该把pull_coord1_dim改成 Y Y Y，如果要研究PMF在特定方向的变化，可以写一个posre文件，约束分子在YZ方向上的运动。

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