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标题: 重现文献中As+O2=AsO+O反应机理计算求助 [打印本页]

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-2 23:27
标题: 重现文献中As+O2=AsO+O反应机理计算求助
各位老师好，我是一个Gaussian新人，我最近在看一篇关于砷计算的文献，其中有一个反应是As+O2=AsO+O，根据这篇文献阐述的：过渡态As-O-O是直线型构型，并且给出了相应的键长。我按照文献中所说的构建了模型，然后按照文中的基组和计算方法进行计算。得到的结果和文献中的不一样，我做了IRC之后发现我优化出来的过渡态是As+O2=As-O-O。我注意到他做了很多的基元反应研究，并用KiSThelP拟合阿伦尼乌斯公式，但是唯独这个反应没有，而是采用绘图计算的。而且我按照文献上的数据画出来的构型，采用#p freq b3lyp/6-311g(3pf,3pd)计算（文献中的基组和计算方法），但是得到的能量和文献中的能量也不一样，相差较大。我发了一封邮件问了一下作者，他只模糊的说了这个才用了别的方法计算，但是并没有说明是采用什么方法，再问就没有回复我了，应该是比较忙。所以想请问一下各位老师，你们经历过这样的处理方法嘛，能不能告诉我一下呀，万分感谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-3 08:08
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗？
反应物种的自旋多重度确定设对了吗？

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-3 08:40

wzkchem5 发表于 2020-11-3 08:08
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗？
反应物种的自旋多重度确定设对了吗？

老师您好，谢谢您的回复。
文献中提到计算和优化全在b3lyp/6-311g（3df，3pd）理论水平下进行优化和计算，所以我全在计算最后的计算水平也是这样的。
自旋多重度我没有考虑到，我待会试一下，谢谢老师

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-3 14:32

wzkchem5 发表于 2020-11-3 08:08
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗？
反应物种的自旋多重度确定设对了吗？

老师您好，我按照您的意见重新做了一下，发现结果还是有出入。我的步骤是这样的：直接按照文献的构型在GV里面画出来，然后添加命令：#p freq b3lyp/6-311(3df,3pd) 进行计算考虑了自旋多重度。老师您看下我的步骤有问题嘛
我是觉得既然文献中所说是过渡态，那我就直接检验就好了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-3 14:38

IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好，我按照您的意见重新做了一下，发现结果还是有出入。我的步骤是这样的：直接按照文献的构型在GV ...

你的波函数稳定吗？
另外你之前只提到说能量出入大，有没有看梯度？过渡态的梯度应该是0（不会精确是0，但是小于结构优化收敛限，也就是RMS gradient和MAX gradient应该都显示YES），你算出来跟0差多少？
还有就是，文献是用高斯算的吗？

作者
Author: qiqi7 时间: 2020-11-3 19:01

IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好，我按照您的意见重新做了一下，发现结果还是有出入。我的步骤是这样的：直接按照文献的构型在GV ...

你好，你是过渡态的结构和单点能量都不对吗，最好贴一下输入输出

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-3 21:38

wzkchem5 发表于 2020-11-3 14:38
你的波函数稳定吗？
另外你之前只提到说能量出入大，有没有看梯度？过渡态的梯度应该是0（不会精确是0， ...

老师您好，文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算，那除了高斯还有别人软件可以计算单点能量嘛。我因为只会一点高斯所以只能采用高斯计算

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-3 21:39

qiqi7 发表于 2020-11-3 19:01
你好，你是过渡态的结构和单点能量都不对吗，最好贴一下输入输出

老师您好，我用高斯找到的过渡态和文献中的不一样，所以就都不对

我也没搞明白是哪里出了问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-3 22:05

IreneAlder 发表于 2020-11-3 21:38
老师您好，文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算，那除了 ...

按理说文献应该会写用什么软件算的，即使正文没有，supporting information也会有，不然期刊不会允许这篇文章发出来的。除了高斯以外能算这个的软件多的是，ORCA、Turbomole、NWChem、GAMESS、Q-Chem等等一大堆。
另外最好按照qiqi7说的，把完整的输入输出文件贴上来，这样比较方便我们排查问题所在。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 04:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当、很不具体的标题“简单反应机理计算”改了，以后务必注意

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-5 10:08
老师您好，相应构型和命令语句我上传到这里了，其中第三张图是文献中有关这段的描述，第二张是我直接用他的结构计算频率。第一张和第四张是我按照文献中所说的绘制出的构型

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-5 10:08

sobereva 发表于 2020-11-4 04:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

谢谢sob老师，以后会小心的

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-5 10:09

wzkchem5 发表于 2020-11-3 22:05
按理说文献应该会写用什么软件算的，即使正文没有，supporting information也会有，不然期刊不会允许这篇 ...

老师您好，最近事情有点多忘记回论坛看下了，我的过程都上传了，能麻烦您帮忙看下嘛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-5 11:32

IreneAlder 发表于 2020-11-5 10:08
老师您好，相应构型和命令语句我上传到这里了，其中第三张图是文献中有关这段的描述，第二张是我直接用他的 ...

你优化出来的过渡态是什么样的？另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的？

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-6 22:11
老师们晚上好，第一张图是我优化后得到的过渡态，第二张图是优化后得到的极小点。

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-6 22:13

wzkchem5 发表于 2020-11-5 11:32
你优化出来的过渡态是什么样的？另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的？

老师您好，优化后的构型我已经上传了，您看下。
另外我看到作者在做这部分的时候没有直接采用KiSThelP进行计算，还考虑了隧道效应校正常数。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-6 23:18

IreneAlder 发表于 2020-11-6 22:11
老师们晚上好，第一张图是我优化后得到的过渡态，第二张图是优化后得到的极小点。

极小点算频率确认没有虚频了吗？另外波函数稳定性检查过吗？

作者
Author: IreneAlder 时间: 2020-11-8 19:59

wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:18
极小点算频率确认没有虚频了吗？另外波函数稳定性检查过吗？

极小点确认没有虚频，但是波函数是不稳定的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-8 20:25

IreneAlder 发表于 2020-11-8 19:59
极小点确认没有虚频，但是波函数是不稳定的

那就做stable=opt得到稳定波函数，再以这个波函数为初始猜测重新优化结构

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