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标题: 求助激基复合物/激基缔合物优化及激发态计算 [打印本页]

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-3 16:45
标题: 求助激基复合物/激基缔合物优化及激发态计算
看了论坛里的一些关于激基复合物/激基缔合物计算的讨论，越看越迷糊。
1.请问目前对于激基复合物/激基缔合物构型的优化该怎么做呢？
2.激发态的计算和单点计算一样还是有别的办法？
3.可否计算出激基复合物/激基缔合物的发光光谱。
新手求问，感激不尽。

作者
Author: Novice 时间: 2020-11-3 17:34
同关注，发表一下我的观点：
1. 激基复合物合理构型寻找和优化是最重要的一个问题，这个留待大佬和有经验的回答。
2.和3.其实不是问题，只要构型解决了，体系算的动，应该只需采用常规TADF的的计算方法和经验基本就没问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 03:43
和普通体系的优化、发射光谱计算在关键词、流程上没有区别，恰当搭建结构即可

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-4 08:17

sobereva 发表于 2020-11-4 03:43
和普通体系的优化、发射光谱计算在关键词、流程上没有区别，恰当搭建结构即可

好的，谢谢老师，这里提到的恰当的搭建结构是靠经验来搭建，还是有别的办法？

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-4 08:26

Novice 发表于 2020-11-3 17:34
同关注，发表一下我的观点：
1. 激基复合物合理构型寻找和优化是最重要的一个问题，这个留待大佬和有经验 ...

谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-4 08:29

anlancx 发表于 2020-11-4 08:17
好的，谢谢老师，这里提到的恰当的搭建结构是靠经验来搭建，还是有别的办法？

通过氢键等方向性较强的相互作用缔合的激基复合物，有可能可以直接靠经验搭建（前提是单体也足够刚性）。如果是靠静电、色散作用缔合的激基复合物，严格来说要做构象搜索

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-4 10:06

wzkchem5 发表于 2020-11-4 08:29
通过氢键等方向性较强的相互作用缔合的激基复合物，有可能可以直接靠经验搭建（前提是单体也足够刚性）。 ...

Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到，构象搜索是对于柔性分子而言的，柔性分子有许多可旋转的键，因此势能面上有很多极小点，构象搜索目的是找到最稳定的一批构象，得知哪个构象能量最低、构象的能量彼此间相差多少。即是对单个分子的构象搜索，对于单体较为刚性的分子，直接opt应该就能找到需要的构型，那两个单体间的空间位置如何调整呢？谢谢~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-4 11:18

anlancx 发表于 2020-11-4 10:06
Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到，构象搜索是对于柔性分子而言的，柔性分子 ...

用同一篇文章里提到的团簇构型搜索。我之前说构象搜索的时候没有区分团簇构型搜索和构象搜索，我本来是想同时指两者的

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-4 11:43

wzkchem5 发表于 2020-11-4 11:18
用同一篇文章里提到的团簇构型搜索。我之前说构象搜索的时候没有区分团簇构型搜索和构象搜索，我本来是想 ...

谢谢老师的回复，团簇我没接触过，一般都是成百上千的原子、分子组成的聚集体，那两个分子的聚集也可以用这个团簇构型搜索来做吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-4 12:41

anlancx 发表于 2020-11-4 11:43
谢谢老师的回复，团簇我没接触过，一般都是成百上千的原子、分子组成的聚集体，那两个分子的聚集也可以用 ...

可以，原理是相通的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 14:20

anlancx 发表于 2020-11-4 10:06
Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到，构象搜索是对于柔性分子而言的，柔性分子 ...

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-4 17:34
本帖最后由 anlancx 于 2020-11-5 08:33 编辑

sobereva 发表于 2020-11-4 14:20
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369- ...

我看完了一系列博文，自己尝试了一下，还有几个问题请教一下：
1.genmer是否适合做如图1这样两个单体的构型搜索

2.这样的体系ngen=多少合适呢？
3.为何我生成的traj.xyz拖到VMD里只有一张图（ngen= 10），如何像博文里那样翻看这10个构型呢？

4.对于这样两个单体，先通过gaussian 优化一下单体结构，再来用genmer跑是否有用，还是直接genmer跑就完事了。

谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 22:10

anlancx 发表于 2020-11-4 17:34
我看完了一系列博文，自己尝试了一下，还有几个问题请教一下：
1.genmer是否适合做如图这样两个单体的构 ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-5 08:27

sobereva 发表于 2020-11-4 22:10
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还 ...

不好意思老师，我已经修改好了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-5 21:55

anlancx 发表于 2020-11-4 17:34
我看完了一系列博文，自己尝试了一下，还有几个问题请教一下：
1.genmer是否适合做如图1这样两个单体的 ...

你的问题是单分子的构象搜索，而不是复合物的构型搜索

这应当用这些文章里的做法，任选其一，当前问题用gentor+molclus就够了
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

对于用gentor的情况，就把几个关键性的键旋考虑旋转就完了

作者
Author: anlancx 时间: 2020-11-6 09:01

sobereva 发表于 2020-11-5 21:55
你的问题是单分子的构象搜索，而不是复合物的构型搜索

这应当用这些文章里的做法，任选其一，当前问题 ...

谢谢老师，我的问题是要知道这两个分子的空间相对位置，这应该算是复合物的构象搜索吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-8 19:20

anlancx 发表于 2020-11-6 09:01
谢谢老师，我的问题是要知道这两个分子的空间相对位置，这应该算是复合物的构象搜索吧。

如果你的目的是想得到激基复合物的最稳定结构，就先按基态团簇构型搜索的方式弄出一批团簇，然后再都优化激发态

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-6-18 15:36

sobereva 发表于 2020-11-8 19:20
如果你的目的是想得到激基复合物的最稳定结构，就先按基态团簇构型搜索的方式弄出一批团簇，然后再都优化 ...

老师，我可不可以用molclus调用xtb选出一批能量低的激基复合物构型（比如10个），然后再高斯优化这10个，然后再选能量最低的作为基态去做TDDFT呢，我的激基复合物体系实际是在薄膜中的，基态和激发态构型应该不会变化太大

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 05:58

陈AG 发表于 2025-6-18 15:36
老师，我可不可以用molclus调用xtb选出一批能量低的激基复合物构型（比如10个），然后再高斯优化这10个， ...

最终应当用TDDFT优化激发态的激基复合物。为此，你可以取molclus搜索出的基态能量最低的10个复合物，然后进一步优化它们的激发态，取激发态极小点的激发态能量最低的那个。而你当前说的做法原理上太粗糙。

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