计算化学公社

标题: 有机小分子水溶液预组装过程求助 [打印本页]

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Author: 华理小妮 时间: 2020-11-3 21:17
标题: 有机小分子水溶液预组装过程求助
老师们我想问一下，我目前的工作是用gromacs模拟两种有机小分子(下图所示)在DMF(二甲基甲酰胺）/1.0M HCl aq.(2/1)溶液中的预组装的过程，有结果问题一直困惑想问一下。
1、gromacs没办法设置具体的pH值，那我是不是就可以通过已知目前溶液pH值和两个分子的pKa去计算目前溶液中两种有机小分子的分子态和离子态各占多少比例，然后通过packmol软件进行添加就可以体现pH了。
2、另外HCl是属于强酸强电解质，在水中会进行完全的电离，那我溶剂分子的添加是否就是按照比例添加DMF分子,氯离子和水分子就可以。但是看之前的帖子说需要考虑水合氢离子，所以我想问一下我这个情况是否应该考虑水合氢离子，如果需要考虑的话水合氢离子的比例是多少呢，水合氢离子有点特殊如何编写拓扑文件呢。
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 03:59
1 是
2 不考虑

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-11-4 09:50

sobereva 发表于 2020-11-4 03:59
1 是
2 不考虑

sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗？因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子，计算过程中溶剂分子的话只需要添加DMF分子，OPC3水分子和按照比例添加氯离子就好了。
谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-4 14:32

华理小妮发表于 2020-11-4 09:50
sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗？因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子，计 ...

让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-11-4 14:37

sobereva 发表于 2020-11-4 14:32
让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了

好的，谢谢sober老师

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-11-4 15:09

华理小妮发表于 2020-11-4 14:37
好的，谢谢sober老师

sober老师不好意思还想问您个问题，质子化的DMF的top文件怎么生成呢，用gaussian画DMF分子的时候如何体现质子化呢

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Author: sobereva 时间: 2020-11-5 21:29

华理小妮发表于 2020-11-4 15:09
sober老师不好意思还想问您个问题，质子化的DMF的top文件怎么生成呢，用gaussian画DMF分子的时候如何体现 ...

把一个H放到预计质子化的位点，然后优化。之后用acpype处理产生拓扑文件，然后实际MD跑一下看看形态维持得如何，效果不好的话再调

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Author: 华理小妮 时间: 2020-11-8 18:07

sobereva 发表于 2020-11-5 21:29
把一个H放到预计质子化的位点，然后优化。之后用acpype处理产生拓扑文件，然后实际MD跑一下看看形态维持 ...

好的，谢谢sober老师

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-11-16 20:57

sobereva 发表于 2020-11-4 14:32
让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了

sober老师，我计算了一下cl-的数量比所有的DMF数量还要多，那是不是所有的DMF都质子化呢，另外这个时候需要考虑多余的氢离子吗

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Author: libo371324 时间: 2020-12-25 17:56

华理小妮发表于 2020-11-4 09:50
sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗？因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子，计 ...

不明白这个地方为什么只添加氯离子，不应该是氯化氢吗

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-12-27 10:01
本帖最后由华理小妮于 2020-12-27 10:02 编辑

sobereva 发表于 2020-11-4 03:59
1 是
2 不考虑

sober老师，我想问您一下运用gromacs软件模拟均相体系有机小分子预组装过程的准确度高不高呢，我们主要考虑的是两种体系，非极性有机溶剂依靠氢键结合和水溶液体系依靠疏水结合。我们就想知道在溶剂下，有机小分子A B是否结合到一起，或者说A-B B-B A-A结合比例是什么样子的，采用的是GAFF这种适合小分子的力场，RESP0.5电荷，计算电荷的时候也会用gendor考虑不同的构象。

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Author: sobereva 时间: 2020-12-28 07:09

华理小妮发表于 2020-12-27 10:01
sober老师，我想问您一下运用gromacs软件模拟均相体系有机小分子预组装过程的准确度高不高呢，我们主要考 ...

没有问题

那叫gentor

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Author: 华理小妮 时间: 2020-12-28 15:50

sobereva 发表于 2020-12-28 07:09
没有问题

那叫gentor

不好意思sober老师。

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