标题: 求助 NVT位置限制性模拟时需要restrain文件 [打印本页] 作者Author: wanglg 时间: 2020-11-4 18:33 标题: 求助 NVT位置限制性模拟时需要restrain文件 NVT位置限制性模拟时使用指令gmx grompp -f nvt-pr-md.mdp -c em-sol.gro -p addoxt.top -o nvt-pr.tpr，
报错Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
可是不知道该怎么生成restraint.gro。
我查了2020的gromacs手册，里面写When using position restraints, a file with restraint coordinates must be supplied with -r (can be the same file as supplied for -c)，上述指令加入-r em-sol.gro后也确实可以运行生成tpr文件。
我想请教这样生成的tpr文件有问题吗？会影响模拟结果吗？