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标题: GMX中伞式拉伸COM pulling的问题 [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-11-5 00:43
标题: GMX中伞式拉伸COM pulling的问题
看了一些相关的资料还是有些困惑, 在此请教一下各位老师
1.如何确定A和B哪个是reference group ?
2.pull的方向可以通过pull-coord1-dim确定, 但如何指定是正方向还是负方向
3.运行pull代码时是否需要constraints = all-bonds
pull = yes
pull-ngroups =2
pull-group1-name = A
pull-group1-name = B
pull-coord1-geometry = distance
pull-coord1-groups = 2
pull-coord1-dim = N N Y
pull-coord1-rate = 0.005
pull-coord1-k = 1000

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-11-5 02:26
Fatal error:
在pull过程中频繁出现这样的报错,是什么问题呢?
Step 155100: The total potential energy is -nan, which is not finite. The LJ
and electrostatic contributions to the energy are 59.1985 and -362.478,
respectively. A non-finite potential energy can be caused by overlapping
interactions in bonded interactions or very large or Nan coordinate values.
Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration,
incorrect interactions or parameters in the topology.
pullf.xvg做出的图如下
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

如果按上图这样的趋势是不是只取前面线性升高的部分中的结构作为窗口进行采样就可以了呢?

作者
Author: atomhong 时间: 2021-5-9 11:16
请问楼主找到答案了吗？我尝试拉伸模拟的时候是通过pull_coord1_rate的值来确定拉伸组沿正方向还是负方向拉的，但是经常会报错，有时系统跑到一半就自己停了。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-5-17 21:24

atomhong 发表于 2021-5-9 11:16
请问楼主找到答案了吗？我尝试拉伸模拟的时候是通过pull_coord1_rate的值来确定拉伸组沿正方向还是负方向拉 ...

我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定拉伸方向的么？

作者
Author: atomhong 时间: 2021-5-18 22:56

Lacrimosa 发表于 2021-5-17 21:24
我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定 ...

是的，我加上负号，拉伸组就沿反方向拉伸了，但有时会报错，显示拉伸初始参考位置不能为负？有时也能成功。然后发现了之前跑到一半就停下来的原因好像是因为两个组相互拉近后之间的作用力太大了，就停下来了。

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-9-6 14:43

Lacrimosa 发表于 2021-5-17 21:24
我这里的问题应该是体系不平衡，但也没有找到好的解决办法。另外是通过指定pull_coord1_rate的正负来确定 ...

楼主你好，我最近也在做伞形采样相关的计算，关于牵引方向我发现只需要变换pull_coord1_groups两个组的顺序即可实现方向的改变，如pull_coord1_groups = 2 1/1 2，可以试试看

作者
Author: 枫原万叶 时间: 2025-9-9 17:12

雷阵雨发表于 2025-9-6 14:43
楼主你好，我最近也在做伞形采样相关的计算，关于牵引方向我发现只需要变换pull_coord1_groups两个组的顺 ...

您好，请问可以分享一份您的mdp文件吗

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-9-9 20:59

枫原万叶发表于 2025-9-9 17:12
您好，请问可以分享一份您的mdp文件吗

pull部分的.mdp如下，供参考
pull                         = yes
pull-ngroups                = 2
pull-group1-name             = refK+ #要牵引的分子
pull-group2-name             = refz  #参考组，refz的z>refO2的z
pull-ncoords                = 1

pull-coord1-type             = umbrella
pull-coord1-geometry          = direction-periodic ;
pull-coord1-dim             = N N Y
pull_coord1-vec             = 0 0 1
pull_coord1_groups          = 2 1
pull-coord1-k                = KZ
pull-coord1-rate             = 0.0                ; 静态窗
pull-coord1-init             = DIST                ; 本窗中心 (nm)
pull-coord1-start             = no
pull-group1-pbcatom          = 34473       #refK+组的原子
pull-group2-pbcatom          = 5694       #refz组的原子

作者
Author: 枫原万叶 时间: 2025-9-22 20:09

雷阵雨发表于 2025-9-9 20:59
pull部分的.mdp如下，供参考
pull = yes
pull-ngroups = ...

感谢

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